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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bqf | |||||||||
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タイトル | Adenylate Kinase L107I MUTANT | |||||||||
要素 | Adenylate kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Scheerer, D. / Adkar, B.V. / Bhattacharyya, S. / Levy, D. / Iljina, M. / Iljina, I. / Dym, O. / Haran, G. / Shakhnovich, E.I. | |||||||||
資金援助 | European Union, イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Allosteric communication between ligand binding domains modulates substrate inhibition in adenylate kinase. 著者: Scheerer, D. / Adkar, B.V. / Bhattacharyya, S. / Levy, D. / Iljina, M. / Riven, I. / Dym, O. / Haran, G. / Shakhnovich, E.I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bqf.cif.gz | 257.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bqf.ent.gz | 206.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bqf_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bqf_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bqf_validation.xml.gz | 48 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bqf_validation.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f7u S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25791.402 Da / 分子数: 6 / 変異: L107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: adk, dnaW, plsA, b0474, JW0463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-AP5 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7. PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.3405 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日 |
放射 | モノクロメーター: Ga / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3405 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→21.04 Å / Num. obs: 93318 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1043 / Rpim(I) all: 0.03909 / Rrim(I) all: 0.1117 / Net I/σ(I): 20.47 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4044 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / Num. unique obs: 8992 / CC1/2: 0.931 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.1585 / Rrim(I) all: 0.435 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7F7U 7f7u 解像度: 2.05→21.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.648 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.461 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→21.04 Å
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拘束条件 |
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