PDB-8bq1: Herpes simplex virus type 1 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bq1

タイトル

Herpes simplex virus type 1 protease

要素

Assemblin

キーワード

VIRAL PROTEIN / herpes / protease / UL26 / VP24

機能・相同性

機能・相同性情報

assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Pachota, M. / Grzywa, R. / Plewka, J. / Wilk, P. / Mackereth, C. / Czarna, A. / Sienczyk, M. / Pyrc, K.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Herpes simplex virus type 1 protease
著者: Pachota, M.

履歴

登録	2022年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bq1.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bq1.ent.gz	68.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bq1_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bq1_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	8bq1_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	8bq1_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1at3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Assemblin

ヘテロ分子

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Assemblin

ヘテロ分子

A: Assemblin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Homodimer indicated by PDBePISA and by similarity to previously known structures.
53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.080, 70.080, 77.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂
Space group name Hall	P6₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH
2	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Assemblin / Protease 分子量: 26651.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: UL26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10210, assemblin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5% PEG400, 1.9M ammonium sulfate, 0.2M sodium nitrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.03323 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月1日

放射

モノクロメーター: LN2 cooled double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03323 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→47.74 Å / Num. obs: 9338 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 20.47 % / B_iso Wilson estimate: 64.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 15.93

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.32-2.46	18.92	2.918	1.27	1459	0.5589	2.9989	97.6
2.46-2.63		1.828		1409	0.785	1.873	99.9
2.63-2.84		1.128		1333	0.953	1.156
2.84-3.11		0.568		1208	0.981	0.583
3.11-3.47		0.272		1117	0.997	0.278
3.47-4.01		0.129		975	0.998	0.132
4.01-4.9		0.076		819	0.999	0.078
4.9-6.89		0.07		655	0.998	0.072
6.89-47.74		0.067		363	0.998	0.069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AT3

1at3

解像度: 2.32→47.74 Å / SU ML: 0.4136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.6949
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	466	5 %
R_work	0.1948	8849	-
obs	0.1973	9315	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1475	0	6	10	1491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5586	2083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0403	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3194	222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.66	0.3299	153	0.2996	2892	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.66-3.35	0.2871	155	0.2509	2970	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.35-47.74	0.2207	158	0.166	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.526850340963	-0.203946699339	0.0103882979464	1.16377690414	-0.094558374268	0.463750684087	0.394326445288	-0.254416007757	-1.07799947568	0.794858382932	0.354425041892	-2.01724027127	0.414368446059	1.12027386173	0.0871648100789	0.827683038744	-0.108528021819	-0.202612053485	0.732716918321	-0.00818846873458	0.799806295468	44.9029812784	21.4287761304	44.0862311274
2	0.785404893894	-0.0963464525076	0.383986314585	1.16532069818	-0.724186728856	0.866481961543	-0.0461311886575	-0.0100206498613	-0.0602525909777	-0.243692398525	0.0325269475839	0.433729102928	-0.272031587719	-0.157669277092	0.000269106719574	0.499103271556	0.033679152166	-0.0312077257263	0.478982998638	-0.0403354772834	0.640232939645	19.8491051393	11.8210104058	36.4713276329
3	0.561393746081	-0.0234465330925	-0.160430760108	0.0212441819446	-0.0973855384291	0.45002486086	0.00476654007975	-0.132196892032	0.365977834947	0.244231872453	0.16831870611	-0.760897993727	0.111606850092	-0.283584193775	0.000446891940308	0.648101078292	0.0111540585186	-0.00819582533138	0.630312321924	-0.0292684437063	0.637400988191	46.1352843403	7.79352021864	45.7068429872
4	0.951789228978	0.0844174137065	-0.334857498181	1.29025155434	0.685024055845	1.5798572109	-0.00940655084889	-0.126067940853	-0.0354035383367	0.0516123305081	0.0326558008179	0.0576816258626	0.134588334441	0.011750055496	0.000892068649312	0.517731036057	0.0113821685355	0.0633446328231	0.566636926779	0.0329933979319	0.591065243703	26.6077991127	9.04540792798	42.6668954613
5	0.221988669685	-0.278285025109	-0.0392431084959	0.373731216115	0.136578873595	0.119963680739	0.192580363365	0.417990627931	-0.617393366204	-1.1053182043	-0.0764700408556	0.352220885208	0.5908583879	0.224448430781	0.00230311431405	0.736961046613	-0.0534024065356	-0.070732002804	0.612416016064	-0.0272792100971	0.65580918107	30.1948485429	7.33367384237	28.2207863574
6	0.816781717381	1.25621328203	-0.0775448890632	1.60193033619	-0.235852585179	0.238197824213	0.00615451097148	0.299522936792	-0.0934387868617	-0.0175999233469	0.356743536572	0.235374995084	0.051618985773	0.657133762722	0.00226265932593	0.811141926131	0.0806848492642	0.000347977577599	0.651953660602	-0.0696309133274	0.633347081674	29.195272974	18.4086971726	37.0338266393

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 20 )	11 - 20	1 - 10
2	2	chain 'A' and (resid 21 through 88 )	21 - 88	11 - 73
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 112 )	89 - 112	74 - 97
4	4	chain 'A' and (resid 113 through 161 )	113 - 161	98 - 141
5	5	chain 'A' and (resid 162 through 179 )	162 - 179	142 - 159
6	6	chain 'A' and (resid 180 through 214 )	180 - 214	160 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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