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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bpz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YopR | ||||||
要素 | SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / yopR / phage-repressor / recombinase | ||||||
機能・相同性 | DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA binding / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gallego del Sol, F. / Marina, A. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Characterization of a unique repression system present in arbitrium phages of the SPbeta family. 著者: Brady, A. / Cabello-Yeves, E. / Gallego Del Sol, F. / Chmielowska, C. / Mancheno-Bonillo, J. / Zamora-Caballero, S. / Omer, S.B. / Torres-Puente, M. / Eldar, A. / Quiles-Puchalt, N. / Marina, A. / Penades, J.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bpz.cif.gz | 148.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bpz.ent.gz | 115.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8bj6C 8bjvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37633.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: yopR, BSU20790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34558 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30.00 % w/v Polyethylene glycol 4,000, 100 mM tri-Sodium citrate; pH 5.6, 100 mM Ammonium sulfate3/D |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→94.47 Å / Num. obs: 19078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 23 / Num. measured all: 360632 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Num. measured all: 55510 / Num. unique obs: 2767 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.445 / Net I/σ(I) obs: 7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8BJV 解像度: 2.2→94.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 13.978 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.647 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→94.47 Å
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拘束条件 |
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