PDB-8bpu: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bpu

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(D-p-FPhF)(O2CCH3)3] (Structure 2)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / ruthenium / protein interaction / metallodrug / diruthenium

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Teran, A. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Effect of Equatorial Ligand Substitution on the Reactivity with Proteins of Paddlewheel Diruthenium Complexes: Structural Studies.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bpu.cif.gz	47.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bpu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bpu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bphC 8bpjC 8bqmC 198lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.360, 78.360, 37.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-369- HOH
2	1	AAA-371- HOH
3	1	AAA-373- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 78分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-R2I / 9,11-bis(4-fluorophenyl)-2,4,6,8-tetraoxa-9,11-diaza-1$l^{4},5$l^{4}-diruthenatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecane 分子量: 526.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄F₂N₂O₄Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-R2U / Ru2-(OH)6 cluster 分子量: 304.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₆O₆Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate, 0.1 M Hepes buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→55.41 Å / Num. obs: 11121 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.81→1.84 Å / R_merge(I) obs: 1.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 524 / CC_1/2: 0.874

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 198L

198l

解像度: 1.81→55.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / WR_factor R_free: 0.318 / WR_factor R_work: 0.253 / SU B: 4.911 / SU ML: 0.148 / Average fsc free: 0.8574 / Average fsc work: 0.8859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2894	532	4.828 %
R_work	0.2291	10488	-
all	0.232	-	-
obs	-	11020	99.038 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.481 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.481 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.963 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→55.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	55	73	1129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	956
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.008	0.01	2
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.697	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.593	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.524	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.072	20.656	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.403	15	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.048	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.173	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.289	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.397	3.138	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.396	3.134	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.343	4.707	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.341	4.711	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.004	3.653	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.984	3.585	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.474	5.35	833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.564	5.263	771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.487	38.297	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.44	38.088	1254

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.81-1.857	0.365	36	0.29	749	0.293	804	0.789	0.82	97.6368	0.268
1.857-1.908	0.358	35	0.298	722	0.301	776	0.8	0.806	97.5516	0.273
1.908-1.963	0.417	36	0.279	720	0.286	762	0.756	0.838	99.2126	0.256
1.963-2.023	0.274	37	0.275	680	0.275	737	0.856	0.84	97.2863	0.254
2.023-2.09	0.295	36	0.271	697	0.272	734	0.844	0.868	99.8638	0.26
2.09-2.163	0.283	23	0.243	666	0.245	693	0.883	0.886	99.4228	0.237
2.163-2.244	0.286	34	0.246	627	0.248	668	0.88	0.891	98.9521	0.236
2.244-2.336	0.398	31	0.232	618	0.24	655	0.805	0.904	99.084	0.236
2.336-2.44	0.289	38	0.243	580	0.246	620	0.875	0.894	99.6774	0.246
2.44-2.558	0.261	26	0.245	563	0.246	597	0.893	0.895	98.66	0.252
2.558-2.696	0.319	31	0.23	545	0.235	582	0.874	0.914	98.9691	0.251
2.696-2.86	0.287	25	0.231	509	0.234	535	0.905	0.911	99.8131	0.248
2.86-3.056	0.299	22	0.234	488	0.236	513	0.901	0.907	99.4152	0.255
3.056-3.3	0.36	30	0.231	455	0.238	485	0.821	0.919	100	0.254
3.3-3.614	0.255	21	0.217	429	0.218	453	0.894	0.935	99.3378	0.248
3.614-4.039	0.266	18	0.179	390	0.182	409	0.934	0.953	99.7555	0.212
4.039-4.659	0.199	18	0.163	347	0.164	365	0.94	0.962	100	0.222
4.659-5.696	0.238	18	0.201	300	0.203	318	0.927	0.952	100	0.262
5.696-8.014	0.389	9	0.233	249	0.238	258	0.871	0.937	100	0.296
8.014-55.409	0.231	8	0.33	154	0.324	163	0.958	0.897	99.3865	0.476

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