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- PDB-8bpq: crystal structure of N-ethylmaleimide reductase with mutation Y18... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpq
タイトルcrystal structure of N-ethylmaleimide reductase with mutation Y187F (nemA Y187F) from Escherichia coli
要素N-ethylmaleimide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme / OYE / E. coli / maleimide
機能・相同性
機能・相同性情報


N-ethylmaleimide reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / nitroglycerin metabolic process / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / xenobiotic metabolic process / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Tb-Xo4 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / N-ethylmaleimide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pfister, P. / Tinzl, M. / Erb, T.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society190003 ドイツ
European Research Council (ERC)637675European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of the Biocatalytic Reductive Aldol Reaction
著者: Tinzl, M. / Stoffel, G.M.M. / Saez, D.A. / Gerlinger, P.D. / Recabarren, R. / Bradley, T. / Westedt, H. / Pfister, P. / Gomez, A. / Ebert, M.O. / Voehringer-Martinez, E. / Erb, T.J.
履歴
登録2022年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ethylmaleimide reductase
B: N-ethylmaleimide reductase
C: N-ethylmaleimide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6779
ポリマ－118,6393
非ポリマー3,0386
水12,899716
1
A: N-ethylmaleimide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5593
ポリマ－39,5461
非ポリマー1,0132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-ethylmaleimide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5593
ポリマ－39,5461
非ポリマー1,0132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-ethylmaleimide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5593
ポリマ－39,5461
非ポリマー1,0132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.062, 96.062, 100.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 N-ethylmaleimide reductase / NEM reductase / N-ethylmaleimide reducing enzyme


分子量: 39546.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nemA, ydhN, b1650, JW1642 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P77258, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2 M Potassium bromide, 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.8, 3 % w/v PGA (Na+ form, LM) 2 % w/v PEG 3350 5 mM Tb-XO4

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.271 Å / Num. obs: 45797 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 17.42 Å2 / Rpim(I) all: 0.148 / Rrim(I) all: 0.467 / Rsym value: 0.442 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.2110.51.2220.64774745660.3961.2851.2222.4100
2.21-2.359.51.2180.54105643320.4241.2921.2182.799.9
2.35-2.5110.10.9570.74088540640.3171.0090.9574.3100
2.51-2.7110.40.7850.83968538100.2560.8260.7855.4100
2.71-2.9710.50.59513703335180.1910.6260.5957100
2.97-3.32100.4361.33172131760.1440.460.4368.4100
3.32-3.838.90.2952.12536928460.1050.3140.2959.9100
3.83-4.79.50.19732284623970.0670.2080.19711.7100
4.7-6.649.10.1813.31730319070.0620.1920.18111.4100
6.64-24.2718.40.153.6911310820.0530.1590.151298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSBuilt=20200417データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P7Y

3p7y


解像度: 2.3→24.27 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 2001 4.37 %
Rwork0.1932 43796 -
obs0.1955 45797 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.3 Å2 / Biso mean: 26.4277 Å2 / Biso min: 4.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→24.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8307 0 183 716 9206
Biso mean--21.34 23.74 -
残基数----1086
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.360.27321400.22232033343100
2.36-2.420.30311380.220131543292100
2.42-2.490.29981440.223531393283100
2.49-2.570.27861360.21631463282100
2.57-2.660.32471510.24853097324898
2.66-2.770.31521460.214231043250100
2.77-2.90.2611420.202731453287100
2.9-3.050.26621410.204530853226100
3.05-3.240.24841400.187931523292100
3.24-3.490.24621450.18313080322599
3.49-3.840.22251500.17383132328299
3.84-4.390.16731300.16213111324199
4.39-5.520.20871400.165331233263100
5.53-24.270.21491580.189831253283100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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