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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bpq | |||||||||
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タイトル | crystal structure of N-ethylmaleimide reductase with mutation Y187F (nemA Y187F) from Escherichia coli | |||||||||
![]() | N-ethylmaleimide reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme / OYE / E. coli / maleimide | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-ethylmaleimide reductase activity / nitroglycerin metabolic process / chromate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / xenobiotic metabolic process / FMN binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pfister, P. / Tinzl, M. / Erb, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Development of the Biocatalytic Reductive Aldol Reaction 著者: Tinzl, M. / Stoffel, G.M.M. / Saez, D.A. / Gerlinger, P.D. / Recabarren, R. / Bradley, T. / Westedt, H. / Pfister, P. / Gomez, A. / Ebert, M.O. / Voehringer-Martinez, E. / Erb, T.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bppC ![]() 3p7yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39546.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P77258, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2 M Potassium bromide, 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.8, 3 % w/v PGA (Na+ form, LM) 2 % w/v PEG 3350 5 mM Tb-XO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→24.271 Å / Num. obs: 45797 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 17.42 Å2 / Rpim(I) all: 0.148 / Rrim(I) all: 0.467 / Rsym value: 0.442 / Net I/av σ(I): 1.3 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3P7Y 解像度: 2.3→24.27 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.3 Å2 / Biso mean: 26.4277 Å2 / Biso min: 4.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→24.27 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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