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- PDB-8bpl: Aspartate transcarbamoylase mutant (N2045C, R2238C) from Chaetomi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpl
タイトルAspartate transcarbamoylase mutant (N2045C, R2238C) from Chaetomium thermophilum CAD-like bound to carbamoyl phosphate
要素Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)
キーワードTRANSFERASE / Nucleotide metabolism / de novo pyrimidine synthesis / CAD / cysteine / disulfide bridge / protein stability / crosslinking / succinate / multienzymatic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / aspartate carbamoyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / Metal-dependent hydrolase / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / SUCCINIC ACID / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者del Cano-Ochoa, F. / Ramon-Maiques, S.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)RTI2018-098084-B-I00 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-128468NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: A Tailored Strategy to Crosslink the Aspartate Transcarbamoylase Domain of the Multienzymatic Protein CAD.
著者: Del Cano-Ochoa, F. / Rubio-Del-Campo, A. / Ramon-Maiques, S.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3949
ポリマ－35,5821
非ポリマー8128
水5,152286
1
A: Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)
ヘテロ分子

A: Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)
ヘテロ分子

A: Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,18127
ポリマ－106,7463
非ポリマー2,43524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area13300 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.410, 139.410, 139.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2404-

GOL

21A-2719-

HOH

31A-2734-

HOH

41A-2739-

HOH

51A-2760-

HOH

61A-2777-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing)


分子量: 35582.113 Da / 分子数: 1 / 変異: N2045C, R2238C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0032600 / プラスミド: pOPIN-M-ctATC2Cys / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S583
#2: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 % / 解説: Bipyramidal-shaped crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8 M succinic acid pH 7.0 cocrystallized with carbamoyl phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→49.29 Å / Num. obs: 900158 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 25.37 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 78877 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNA1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NNQ

5nnq


解像度: 1.58→49.29 Å / SU ML: 0.1736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0271
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1706 3142 4.97 %
Rwork0.1357 60050 -
obs0.1375 63192 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 52 286 2816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01282657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33463611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0189466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7179389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.60.31311140.23662299X-RAY DIFFRACTION85.08
1.6-1.630.27471360.21492709X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.660.2451330.1962718X-RAY DIFFRACTION99.96
1.66-1.690.24561380.18312673X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.2281720.17642698X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.760.32111450.21532700X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.29971440.1912693X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.840.25061350.1582750X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.880.18291230.12012711X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.930.1671380.10852731X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.990.17451320.10822733X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.15531480.10342709X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.14771220.10872735X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.210.17671260.11182771X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.310.14171470.09932733X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.440.1491690.10462730X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.590.13241370.11432763X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.790.15341660.12422758X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.070.1781530.13322761X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.510.17061360.13152817X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.430.14151660.12582838X-RAY DIFFRACTION100
4.43-100.18231620.1763020X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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