PDB-8bpj: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bpj

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(D-p-FPhF)(O2CCH3)3] (Structure 1)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / ruthenium / protein interaction / metallodrug / diruthenium

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Teran, A. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Effect of Equatorial Ligand Substitution on the Reactivity with Proteins of Paddlewheel Diruthenium Complexes: Structural Studies.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bpj.cif.gz	49.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bpj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bpj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bpj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8bpj_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	8bpj_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bphC 8bpuC 8bqmC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.480, 77.480, 37.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-334- HOH
2	1	AAA-353- HOH
3	1	AAA-403- HOH
4	1	AAA-409- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-TZ6 / 9,11-bis(4-fluorophenyl)-3,7-dimethyl-2,4,6,8-tetraoxa-9,11-diaza-1$l^{4},5$l^{4}-diruthenatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecane 分子量: 554.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈F₂N₂O₄Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol, 0.1 M sodium acetate buffer at pH 4.0, 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→54.79 Å / Num. obs: 23817 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / R_merge(I) obs: 0.935 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1153 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.38→54.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 1.291 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1197	5.008 %
R_work	0.1901	22704	-
all	0.192	-	-
obs	-	23817	99.933 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.049 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.049 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→54.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	71	109	1181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.921	1.709	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.577	1.601	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.64	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.303	21.159	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.08	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.462	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.154	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.136	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.079	2.198	549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.075	2.198	549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.908	3.309	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.908	3.314	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.194	2.697	620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.14	2.572	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.813	3.903	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.795	3.721	803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.341	27.129	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.27	26.748	1320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.416	0.353	86	0.297	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.416-1.455	0.264	101	0.264	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.455-1.497	0.218	79	0.218	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.497-1.543	0.275	88	0.252	1513	X-RAY DIFFRACTION	99.9376
1.543-1.593	0.248	77	0.245	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.593-1.649	0.292	63	0.209	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.649-1.711	0.217	73	0.217	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.862
1.711-1.781	0.289	61	0.202	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.781-1.86	0.228	69	0.208	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.951	0.212	55	0.206	1239	X-RAY DIFFRACTION	99.9228
1.951-2.056	0.253	69	0.192	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.056-2.181	0.208	64	0.179	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.9145
2.181-2.331	0.185	58	0.179	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.331-2.518	0.234	53	0.169	970	X-RAY DIFFRACTION	99.8049
2.518-2.757	0.194	45	0.154	910	X-RAY DIFFRACTION	99.8954
2.757-3.082	0.219	47	0.161	827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.082-3.557	0.181	31	0.155	744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.557-4.352	0.163	31	0.149	639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.352-6.135	0.255	35	0.212	507	X-RAY DIFFRACTION	99.6324
6.135-54.79	0.505	12	0.307	311	X-RAY DIFFRACTION	98.1763

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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