PDB-8bpi: Human Gamma-D crystallin R36S mutant after UV illumination

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bpi

タイトル

Human Gamma-D crystallin R36S mutant after UV illumination

要素

(Gamma-crystallin D) x 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / UV exposure / oxidisation / eye lens protein

機能・相同性

機能・相同性情報

lens fiber cell differentiation / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / cellular response to reactive oxygen species / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yorke, B.A. / Hill, J.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: An ultraviolet-driven rescue pathway for oxidative stress to eye lens protein human gamma-D crystallin.
著者: Hill, J.A. / Nyathi, Y. / Horrell, S. / von Stetten, D. / Axford, D. / Owen, R.L. / Beddard, G.S. / Pearson, A.R. / Ginn, H.M. / Yorke, B.A.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bpi.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bpi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bpi_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bpi_full_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示
XML形式データ	8bpi_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8bpi_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bd0C 8q3lC 2g98S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

XXX: Gamma-crystallin D

AAA: Gamma-crystallin D

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

XXX: Gamma-crystallin D

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー

2

AAA: Gamma-crystallin D

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.900, 83.700, 101.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	XXX
2	1	AAA

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 1 - 172 / Label seq-ID: 10 - 181

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	XXX	A
2	AAA	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Gamma-crystallin D / Gamma-D-crystallin / Gamma-crystallin 4 分子量: 21814.240 Da / 分子数: 1 / 変異: R36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / プラスミド: pET30b(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P07320
#2: タンパク質	Gamma-crystallin D / Gamma-D-crystallin / Gamma-crystallin 4 分子量: 21830.240 Da / 分子数: 1 / 変異: R36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGD, CRYG4 / プラスミド: pET30b(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P07320
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Microcrystalline plate-like
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.8 / 詳細: 50 mM phosphate buffer pH 7.8, 20 mM DTT / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→101 Å / Num. obs: 31633 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 70.2 % / CC_1/2: 0.9546 / CC star: 0.9883 / R split: 0.2277 / Net I/σ(I): 3.19
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 48.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 3090 / CC_1/2: 0.2283 / CC star: 0.6096 / R split: 1.669 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Frames indexed: 25600

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G98

2g98

解像度: 2→101 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.722 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	1746	6.455 %
R_work	0.1973	25303	-
all	0.2	-	-
obs	-	27049	85.666 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.682 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.323 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.358 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→101 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2871	0	0	80	2951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.649	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.24	1.585	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.834	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.712	19.781	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.439	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.903	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.098	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.555	3.495	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.541	3.491	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.848	5.231	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.848	5.236	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.92	4.19	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.919	4.193	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.381	6.05	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.38	6.054	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.474	68.689	12435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.473	68.627	12406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.086	0.05	5854

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	XXX	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08649	0.0501
1	2	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08649	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.07	0.365	105	0.377	1481	X-RAY DIFFRACTION	69.7449
2.052-2.108	0.364	117	0.353	1522	X-RAY DIFFRACTION	73.4319
2.108-2.169	0.378	102	0.333	1540	X-RAY DIFFRACTION	74.7043
2.169-2.236	0.331	117	0.305	1529	X-RAY DIFFRACTION	78.2691
2.236-2.309	0.295	111	0.285	1557	X-RAY DIFFRACTION	80.814
2.309-2.39	0.296	112	0.291	1483	X-RAY DIFFRACTION	80.0703
2.39-2.48	0.368	114	0.289	1519	X-RAY DIFFRACTION	84.3056
2.48-2.582	0.342	91	0.26	1485	X-RAY DIFFRACTION	85.2353
2.582-2.696	0.341	105	0.271	1453	X-RAY DIFFRACTION	87.0878
2.696-2.828	0.299	95	0.242	1437	X-RAY DIFFRACTION	89.8534
2.828-2.981	0.249	88	0.193	1432	X-RAY DIFFRACTION	92.7961
2.981-3.161	0.265	83	0.194	1375	X-RAY DIFFRACTION	94.5525
3.161-3.379	0.248	88	0.166	1315	X-RAY DIFFRACTION	95.5722
3.379-3.65	0.168	94	0.151	1223	X-RAY DIFFRACTION	97.3392
3.65-3.998	0.174	73	0.134	1162	X-RAY DIFFRACTION	97.6285
3.998-4.469	0.159	62	0.133	1035	X-RAY DIFFRACTION	96.0595
4.469-5.158	0.151	58	0.112	939	X-RAY DIFFRACTION	97.7451
5.158-6.313	0.197	50	0.14	809	X-RAY DIFFRACTION	97.0621
6.313-8.911	0.252	48	0.176	630	X-RAY DIFFRACTION	96.8571
8.911-101	0.178	33	0.184	377	X-RAY DIFFRACTION	97.852

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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