PDB-8bph: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bph

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(D-p-FPhF)(O2CCH3)3] (Structure 3)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / ruthenium / protein interaction / metallodrug / diruthenium

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Teran, A. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Effect of Equatorial Ligand Substitution on the Reactivity with Proteins of Paddlewheel Diruthenium Complexes: Structural Studies.
著者: Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Herrero, S. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bph.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bph.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bpjC 8bpuC 8bqmC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.190, 77.190, 37.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-330- HOH
2	1	AAA-370- HOH
3	1	AAA-458- HOH
4	1	AAA-486- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-R3D / Ru2-(OH)8 cluster 分子量: 338.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₈O₈Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→38.603 Å / Num. obs: 949875 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 33.8
反射シェル	解像度: 1.07→1.09 Å / R_merge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 16689 / CC_1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.07→38.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 0.6 / SU ML: 0.029 / Average fsc free: 0.9137 / Average fsc work: 0.9184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	2421	4.961 %
R_work	0.1857	46382	-
all	0.187	-	-
obs	-	48803	95.876 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.021 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.059 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→38.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	992	0	35	187	1214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.065	1.67	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.686	1.599	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.821	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.714	19.853	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.227	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.766	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.274	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.364	1.244	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.33	1.244	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.047	1.875	691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.064	1.878	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.371	1.597	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.381	1.568	557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.647	2.31	848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.709	2.249	813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.999	17.351	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.63	16.48	1381

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.07-1.098	0.334	95	0.354	2225	0.353	3710	0.77	0.758	62.5337	0.32
1.098-1.128	0.314	164	0.314	2999	0.314	3602	0.813	0.832	87.8123	0.264
1.128-1.16	0.247	200	0.257	3318	0.257	3527	0.896	0.881	99.7448	0.211
1.16-1.196	0.22	156	0.243	3251	0.242	3407	0.916	0.905	100	0.197
1.196-1.235	0.316	156	0.295	3039	0.296	3300	0.855	0.861	96.8182	0.229
1.235-1.279	0.231	139	0.224	3075	0.224	3214	0.924	0.925	100	0.179
1.279-1.327	0.302	168	0.264	2841	0.266	3116	0.885	0.898	96.5661	0.209
1.327-1.381	0.245	165	0.2	2830	0.202	2995	0.926	0.941	100	0.167
1.381-1.442	0.229	136	0.195	2727	0.197	2867	0.933	0.947	99.8605	0.165
1.442-1.513	0.201	149	0.18	2606	0.182	2764	0.954	0.956	99.6744	0.16
1.513-1.594	0.203	131	0.171	2489	0.172	2620	0.945	0.959	100	0.158
1.594-1.691	0.206	116	0.165	2366	0.167	2482	0.954	0.963	100	0.16
1.691-1.807	0.237	119	0.169	2244	0.173	2363	0.933	0.956	100	0.172
1.807-1.952	0.209	97	0.194	2075	0.194	2181	0.942	0.949	99.5873	0.198
1.952-2.138	0.21	104	0.161	1926	0.163	2031	0.95	0.964	99.9508	0.18
2.138-2.389	0.163	81	0.155	1769	0.156	1852	0.97	0.971	99.892	0.173
2.389-2.757	0.179	81	0.161	1565	0.162	1647	0.96	0.964	99.9393	0.193
2.757-3.372	0.159	65	0.16	1341	0.16	1408	0.972	0.968	99.858	0.195
3.372-4.751	0.156	56	0.151	1068	0.151	1131	0.978	0.976	99.3811	0.195
4.751-38.603	0.306	43	0.239	627	0.243	678	0.954	0.959	98.8201	0.305

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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