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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bpf | |||||||||||||||||||||
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タイトル | FcMR binding at subunit Fcu1 of IgM pentamer | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / IgM Fc receptor | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgM receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells / IgM binding / regulation of B cell receptor signaling pathway / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / cellular defense response / trans-Golgi network membrane / early endosome membrane ...high-affinity IgM receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells / IgM binding / regulation of B cell receptor signaling pathway / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / cellular defense response / trans-Golgi network membrane / early endosome membrane / lysosomal membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, Q. / Rosenthal, P. / Tolar, P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis for Fc receptor recognition of immunoglobulin M. 著者: Qu Chen / Rajesh P Menon / Laura Masino / Pavel Tolar / Peter B Rosenthal / 要旨: Immunoglobulin Fc receptors are cell surface transmembrane proteins that bind to the Fc constant region of antibodies and play critical roles in regulating immune responses by activation of immune ...Immunoglobulin Fc receptors are cell surface transmembrane proteins that bind to the Fc constant region of antibodies and play critical roles in regulating immune responses by activation of immune cells, clearance of immune complexes and regulation of antibody production. FcμR is the immunoglobulin M (IgM) antibody isotype-specific Fc receptor involved in the survival and activation of B cells. Here we reveal eight binding sites for the human FcμR immunoglobulin domain on the IgM pentamer by cryogenic electron microscopy. One of the sites overlaps with the binding site for the polymeric immunoglobulin receptor (pIgR), but a different mode of FcμR binding explains its antibody isotype specificity. Variation in FcμR binding sites and their occupancy reflects the asymmetry of the IgM pentameric core and the versatility of FcμR binding. The complex explains engagement with polymeric serum IgM and the monomeric IgM B-cell receptor (BCR). | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bpf.cif.gz | 423.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bpf.ent.gz | 344.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bpf_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bpf_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bpf_validation.xml.gz | 79.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bpf_validation.cif.gz | 118 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16151MC 8bpeC 8bpgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38343.086 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | | 分子量: 26020.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCMR, FAIM3, TOSO / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60667 #3: タンパク質 | | 分子量: 18120.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | The entities of this entry have been subject to varying amounts of proteolysis resulting in ...The entities of this entry have been subject to varying amounts of proteolysis resulting in different sequence lengths for the same protein. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human FcMR/IgM-Fc complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 539010 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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