+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bp5 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Trichoplax Dlg PDZ1 domain | |||||||||
Components | Disks large-like protein 1 | |||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / PDZ domain / cell polarity / Dlg / Trichoplax | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L27-1 / L27_1 / L27 domain superfamily / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase ...L27-1 / L27_1 / L27 domain superfamily / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Trichoplax sp. H2 (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.13 Å | |||||||||
Authors | Maddumage, J.C. / Kvansakul, M. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Trichoplax Dlg PDZ1 domain Authors: Maddumage, J.C. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bp5.cif.gz | 134.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bp5.ent.gz | 87.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bp5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bp5_validation.pdf.gz | 415.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bp5_full_validation.pdf.gz | 415.8 KB | Display | |
Data in XML | 8bp5_validation.xml.gz | 9.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8bp5_validation.cif.gz | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bp5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3rl7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9774.006 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichoplax sp. H2 (invertebrata) / Gene: TrispH2_000924 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): Codon+ / References: UniProt: A0A369SI82 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2.5 M D-L Malic acid, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95372 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.13→42.95 Å / Num. obs: 8858 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.13→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / Num. unique obs: 718 / CC1/2: 0.989 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RL7 Resolution: 2.13→42.95 Å / SU ML: 0.1767 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / Phase error: 26.6848 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.13→42.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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