PDB-8boz: structure of the Adherent-Invasive Escherichia coli Tle3/Tli3 T6S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8boz

タイトル

structure of the Adherent-Invasive Escherichia coli Tle3/Tli3 T6SS effector/immunity complex

要素

Lipoprotein
Transmembrane protein

キーワード

HYDROLASE / Phospholipase / immunity / adherent-invasive Escherichia coli (AIEC) / / protein secretion / Protein structure / AlphaFold2

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / Lipoprotein / Transmembrane protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Cambillau, C. / Roussel, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Activity and Crystal Structure of the Adherent-Invasive Escherichia coli Tle3/Tli3 T6SS Effector/Immunity Complex Determined Using an AlphaFold2 Predicted Model.
著者: Le, T.T.H. / Kellenberger, C. / Boyer, M. / Santucci, P. / Flaugnatti, N. / Cascales, E. / Roussel, A. / Canaan, S. / Journet, L. / Cambillau, C.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8boz.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8boz.ent.gz	913.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8boz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8boz_validation.pdf.gz	930.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8boz_full_validation.pdf.gz	1016.1 KB	表示
XML形式データ	8boz_validation.xml.gz	199 KB	表示
CIF形式データ	8boz_validation.cif.gz	267.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8boz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8boz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transmembrane protein

C: Transmembrane protein

B: Lipoprotein

E: Transmembrane protein

D: Lipoprotein

F: Lipoprotein

G: Transmembrane protein

H: Lipoprotein

I: Transmembrane protein

J: Lipoprotein

K: Transmembrane protein

L: Lipoprotein

M: Transmembrane protein

N: Lipoprotein

O: Transmembrane protein

P: Lipoprotein

ヘテロ分子

838 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protein

B: Lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Transmembrane protein

D: Lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Transmembrane protein

F: Lipoprotein

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登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Transmembrane protein

H: Lipoprotein

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105 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Transmembrane protein

J: Lipoprotein

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6

K: Transmembrane protein

L: Lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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7

M: Transmembrane protein

N: Lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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8

O: Transmembrane protein

P: Lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.860, 449.070, 116.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transmembrane protein 分子量: 73992.266 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FPI65_17315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G9AAY6
#2: タンパク質	Lipoprotein 分子量: 30662.744 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FPI65_17310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G9AAX8
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Tle3AIEC-Tli3AIEC crystals were obtained using a reservoir solution consisting of 20% v/v PEG 3350. Bis Tris propane pH 6.5, 0.2 M sodium acetate trihydrate after 44 days at 293 K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→48.75 Å / Num. obs: 78970 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.6→3.64 Å / Num. unique obs: 5814 / CC_1/2: 0.383

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 3.6→48.74 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	3949	5 %
R_work	0.2326	-	-
obs	0.2344	78957	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→48.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45226	0	8	0	45234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	46454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.591	63537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.552	6519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	6858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	8441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.64	0.3758	140	0.3405	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.64-3.69	0.3663	139	0.3116	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.69-3.74	0.3396	146	0.3052	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
3.74-3.79	0.3585	140	0.3068	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-3.84	0.3187	139	0.2784	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.84-3.9	0.3024	141	0.2822	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9-3.96	0.3245	143	0.2813	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
3.96-4.03	0.3106	140	0.2679	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
4.03-4.1	0.3156	141	0.2591	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1-4.17	0.3044	142	0.2469	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
4.17-4.25	0.2796	142	0.236	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
4.25-4.34	0.2673	140	0.2411	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.34-4.43	0.2874	140	0.2282	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
4.43-4.53	0.2722	144	0.2271	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
4.53-4.65	0.3047	139	0.2279	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
4.65-4.77	0.2626	142	0.2173	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
4.77-4.91	0.2598	141	0.2177	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
4.91-5.07	0.2432	142	0.2185	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-5.25	0.2616	143	0.2232	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
5.25-5.46	0.2819	140	0.2268	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-5.71	0.2463	143	0.2275	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
5.71-6.01	0.2992	140	0.2275	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
6.01-6.39	0.2735	141	0.2247	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
6.39-6.88	0.2417	142	0.2137	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
6.88-7.57	0.2213	141	0.2024	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
7.57-8.66	0.2151	140	0.1886	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
8.66-10.89	0.1924	139	0.1797	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
10.9-48.74	0.2476	139	0.2406	2621	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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