PDB-8bov: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the five-co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bov

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the five-coordinate Pt(II) complex, 1-Me,Me, with HEWL at pH 7.5

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / platinum / five-coordinate / glucoconjugate / metallodrug / protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Tito, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Impact of Hydrophobic Chains in Five-Coordinate Glucoconjugate Pt(II) Anticancer Agents.
著者: Annunziata, A. / Imbimbo, P. / Cucciolito, M.E. / Ferraro, G. / Langellotti, V. / Marano, A. / Melchiorre, M. / Tito, G. / Trifuoggi, M. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bov.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bov.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bov_validation.pdf.gz	883.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bov_full_validation.pdf.gz	887.7 KB	表示
XML形式データ	8bov_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8bov_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8boyC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.580, 78.580, 37.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-345- HOH
2	1	AAA-379- HOH
3	1	AAA-436- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 145分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-R0I / 1-[1,3-dimethyl-4-(1~{H}-1,2,3-triazol-5-yl)imidazol-1-ium-2-yl]-1,2',11'-trimethyl-spiro[1$l^{6}-platinacycloprop-2-ene-1,15'-1,12-diaza-15$l^{6}-platinatetracyclo[10.2.1.0^{5,14}.0^{8,13}]pentadeca-2,4,6,8,10,13-hexaene] 分子量: 607.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₇Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate 0.1 M Hepes buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→55.564 Å / Num. obs: 32632 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 1.069 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1623 / CC_1/2: 0.854 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.25→55.564 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 0.874 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	1606	4.922 %
R_work	0.1824	31026	-
all	0.184	-	-
obs	-	32632	99.841 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.073 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.073 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→55.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	59	140	1200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.358	1.694	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.638	1.615	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.395	5	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.453	20.299	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.41	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.216	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.198	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	1.733	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.475	1.716	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.034	2.586	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.054	2.59	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.06	2.164	604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.058	2.165	605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.631	3.129	866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.628	3.131	867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.151	22.276	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.154	22.283	1502

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.343	124	0.303	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.1572
1.282-1.318	0.342	97	0.287	2215	X-RAY DIFFRACTION	99.9136
1.318-1.356	0.359	121	0.286	2130	X-RAY DIFFRACTION	99.8669
1.356-1.397	0.339	119	0.269	2051	X-RAY DIFFRACTION	99.9079
1.397-1.443	0.327	105	0.251	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
1.443-1.494	0.23	93	0.23	1958	X-RAY DIFFRACTION	99.9513
1.494-1.55	0.222	96	0.222	1903	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.55-1.613	0.241	96	0.202	1821	X-RAY DIFFRACTION	99.7918
1.613-1.685	0.272	96	0.198	1734	X-RAY DIFFRACTION	99.7819
1.685-1.767	0.243	86	0.195	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.8312
1.767-1.863	0.24	72	0.187	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.7626
1.863-1.976	0.189	85	0.172	1505	X-RAY DIFFRACTION	99.9371
1.976-2.112	0.18	80	0.173	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.112-2.281	0.191	65	0.155	1328	X-RAY DIFFRACTION	99.7137
2.281-2.498	0.142	68	0.142	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.9237
2.498-2.792	0.161	55	0.157	1142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.792-3.223	0.183	49	0.151	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.944	0.225	41	0.147	873	X-RAY DIFFRACTION	99.8907
3.944-5.563	0.203	35	0.168	696	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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