PDB-8bou: Crystal structure of Blautia producta GH94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bou

タイトル

Crystal structure of Blautia producta GH94

要素

N,N'-diacetylchitobiose phosphorylase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 94

機能・相同性

機能・相同性情報

macromolecule modification / : / glycosyltransferase activity / methyltransferase activity / carbohydrate binding / methylation / nucleic acid binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Blautia producta ATCC 27340 = DSM 2950 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Levy, C.W.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Blautia producta is a competent degrader among human gut Firmicutes for utilizing dietary beta mixed linkage glucan
著者: Singh, R.P. / Thankur, R. / Wagstaff, B. / Kumar, G. / Kurata, R. / Patel, D. / Miyazaki, T. / Levy, C.W. / Field, R.A.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bou.cif.gz	794.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bou.ent.gz	547.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cqtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N,N'-diacetylchitobiose phosphorylase

B: N,N'-diacetylchitobiose phosphorylase

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, PISA analysis

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.460, 135.290, 166.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	N,N'-diacetylchitobiose phosphorylase 分子量: 93858.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Blautia producta ATCC 27340 = DSM 2950 (バクテリア) 遺伝子: E5259_00910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G5MNS2

-
非ポリマー , 7種, 717分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M carboxylic acids, 0.1 M Imidazole MES buffer pH 6.5, 60% precipitant mix 3 (40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000) [Morpheus G3, Molecular Dimensions] Temp details: Cold room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→52.56 Å / Num. obs: 97018 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 55.83 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 10.92
反射シェル	解像度: 2.32→2.403 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.699 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 9562 / CC_1/2: 0.602 / CC star: 0.867 / R_pim(I) all: 0.4926 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CQT

2cqt

解像度: 2.32→52.56 Å / SU ML: 0.3329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	4886	5.04 %
R_work	0.1776	92104	-
obs	0.1798	96990	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→52.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12952	0	62	705	13719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	13429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5476	18196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1008	1819

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.3741	154	0.3215	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.35-2.37	0.3482	170	0.3068	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.37-2.4	0.3308	164	0.2988	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.43	0.3304	164	0.2821	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.3242	170	0.2882	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.5	0.3094	158	0.2729	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.53	0.3136	154	0.2745	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3589	160	0.2842	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.57-2.61	0.3423	167	0.277	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.66	0.3141	171	0.2533	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7	0.3104	171	0.243	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.75	0.282	163	0.2249	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.8	0.2708	168	0.2129	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.2571	150	0.2054	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.92	0.2589	150	0.2075	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.99	0.2772	157	0.202	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2572	175	0.2066	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.15	0.2685	157	0.2122	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.15-3.24	0.2462	161	0.2036	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.35	0.2462	159	0.1867	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.35-3.47	0.2263	173	0.1801	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.47-3.6	0.2452	182	0.171	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.77	0.2428	157	0.1753	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.97	0.206	156	0.1608	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.22	0.199	164	0.1382	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.54	0.1498	175	0.1245	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-5	0.1515	156	0.1241	3134	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5-5.72	0.186	159	0.1425	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
5.72-7.2	0.1993	164	0.1645	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2-52.56	0.1692	157	0.1595	3310	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.95217164046	0.230146610878	0.0559836299405	1.28372809815	0.18977164514	0.602947209138	-0.0884641766671	0.0329160276165	0.0587955692549	-0.0390021193072	0.0856700327032	-0.0210354777855	-0.160868635476	0.0654475041936	6.42812950265E-5	0.632268956976	-0.0159250152216	-0.0350954012647	0.573976840334	-0.00333865983081	0.550127190861	96.8730821271	89.6881869617	110.43392482
2	1.12055073144	-0.0248892454799	-0.143040297752	1.43182844561	-0.321258626712	0.78548254588	-0.0699462857543	0.0801176892564	0.246381677848	0.0269001101408	0.11049548262	0.461830355568	-0.266455868545	-0.247719660146	7.0068157119E-5	0.720129473654	0.164574585572	-0.0330457310732	0.71665341848	0.0303358901843	0.87063742252	59.9381051851	101.202815578	113.730787656
3	0.448498905055	-0.149281956552	0.0973881553803	1.40567762073	0.0998019237493	0.975842839059	-0.0375722525651	-0.0820343193139	-0.0436961923468	0.222959524103	0.0515008776236	0.0755213118639	-0.0452683061519	-0.0623126657464	-3.56376985361E-5	0.562903937847	0.0229446986223	0.00521905648354	0.574486099879	0.00728780832837	0.532904424371	83.5229596959	58.2056251983	123.48162895
4	0.76941208145	0.0636083650304	0.027933096935	0.994548042772	0.194387232841	0.664541395915	-0.0605468672453	0.151471156525	-0.0686955966466	-0.175765278121	0.0403690725961	-0.0105681427371	-0.0351202511682	0.0265911474242	3.33059439288E-6	0.540609361789	-0.0283097235244	0.018215535611	0.605844655964	-0.0735341041262	0.519874119992	87.5368502353	46.4277539507	86.6201210356

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 340 )	A	A	18 - 340	1 - 323
2	2	chain 'A' and (resid 341 through 824 )	A	A	341 - 824	324 - 807
3	3	chain 'B' and (resid 20 through 340 )	B	F	20 - 340	1 - 321
4	4	chain 'B' and (resid 341 through 824 )	B	F	341 - 824	322 - 805

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 717分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 717分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 717分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)