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- PDB-8bos: Transition state analogue complex of small G protein and its GAP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bos
タイトルTransition state analogue complex of small G protein and its GAP effector
要素
  • GTPase HRas
  • Ras GTPase-activating protein 1
キーワードHYDROLASE / transition state analogue complex / metal fluoride complex / Ras / signalling protein / RasGAP / oncoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane ...regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / mitotic cytokinesis / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC1 events in EGFR signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / ephrin receptor signaling pathway / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC-related events triggered by IGF1R / vasculogenesis / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / adipose tissue development / SHC1 events in ERBB2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of epithelial cell proliferation / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / ruffle / Signaling by FGFR2 in disease / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / myelination / Signaling by FGFR1 in disease / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / GTPase activator activity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / small monomeric GTPase / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / positive regulation of GTPase activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / cellular senescence / cellular response to gamma radiation / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein 1, N-terminal SH2 domain / RasGAP, SH3 domain / Ras GTPase-activating protein 1, C-terminal SH2 domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain ...Ras GTPase-activating protein 1, N-terminal SH2 domain / RasGAP, SH3 domain / Ras GTPase-activating protein 1, C-terminal SH2 domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Rho GTPase activation protein / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / SH3 domain / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIFLUOROMAGNESATE / GTPase HRas / Ras GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Baumann, P. / Jin, Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust218568/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust209057/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A small G protein with MgF3 TSA complex
著者: Baumann, P. / Jin, Y.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: GTPase HRas
G: Ras GTPase-activating protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2646
ポリマ－56,6562
非ポリマー6084
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.832, 41.558, 89.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 RG

#1: タンパク質 GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18875.191 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPase HRAS N-terminally processed / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Ras GTPase-activating protein 1 / GAP / GTPase-activating protein / RasGAP / Ras p21 protein activator / p120GAP


分子量: 37780.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASA1, GAP, RASA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20936

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非ポリマー , 5種, 62分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: precipitant: HEPES-Na 100 mM pH = 8.0, PEG3350 22% (w/v), (NH4)2SO4 20 mM, Gd-HCl 100 mM, NaF 20 mM protein buffer: HRas 0.400 mM, RasGAP 0.400 mM, HEPES-Na 20 mM, NaF 20 mM drop size: 5 uL, ...詳細: precipitant: HEPES-Na 100 mM pH = 8.0, PEG3350 22% (w/v), (NH4)2SO4 20 mM, Gd-HCl 100 mM, NaF 20 mM protein buffer: HRas 0.400 mM, RasGAP 0.400 mM, HEPES-Na 20 mM, NaF 20 mM drop size: 5 uL, protein:precipitant ratio: 1:1.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→84.66 Å / Num. obs: 16248 / % possible obs: 54.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 1.51 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 206 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.478 / Rrim(I) all: 0.821

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WQ1

1wq1


解像度: 2.1→84.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 7.875 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27994 791 4.9 %RANDOM
Rwork0.19802 ---
obs0.20217 15452 54.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.04 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→84.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3914 0 1 58 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.6525376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.461.5618656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2995483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.693525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.39810745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2184.4281941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2054.4291941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9396.6292421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.946.6312422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5164.7762043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5134.7782042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3817.0312953
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.97156.5194605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.97156.514606
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 10 -
Rwork0.215 177 -
obs--8.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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