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万見
- PDB-8bor: Photosensory module from DrBphP without PHY tongue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bor
タイトルPhotosensory module from DrBphP without PHY tongue
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOTOSENSOR / PHYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kurttila, M. / Takala, H. / Ihalainen, J.A.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland330678 フィンランド
Academy of Finland332742 フィンランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: The interconnecting hairpin extension "arm": An essential allosteric element of phytochrome activity.
著者: Kurttila, M. / Rumfeldt, J. / Takala, H. / Ihalainen, J.A.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,7418
ポリマ－213,3984
非ポリマー2,3434
水7,674426
1
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8704
ポリマ－106,6992
非ポリマー1,1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37480 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8704
ポリマ－106,6992
非ポリマー1,1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.630, 64.590, 131.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 53349.484 Da / 分子数: 4 / 変異: Residues 446-477 replaced with 'GGGS' / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422/ JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 /
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / 解説: small flakes
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 12% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM ammonium acetate, 5% fructose, 5% glucose, and 100 mM sodium citrate pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07225 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 88343 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.292 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.363.2591.49664830.3251.79299.2
2.36-2.51.17128760.4291.40498.6
2.5-2.80.678197790.7020.80499.1
2.8-30.37391230.8960.44799.2
3-40.149230790.9780.17798.9
4-60.082118610.9840.09898.2
6-100.06739880.9920.08198.4
10-500.06411540.9930.07898.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.88 Å45.99 Å
Translation5.88 Å45.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K5B

5k5b


解像度: 2.3→45.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 11.668 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26819 4418 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.23667 83924 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å20 Å20.52 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----2.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14041 0 172 426 14639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01214674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01613456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9891.66820105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3621.56731281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.28951844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.1375112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.018102155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.22270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7165.1947409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7145.1947409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4017.7729239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4017.7729240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8155.5427265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8155.5427265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.588.210866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55372.39716337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.5572.20216257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 323 -
Rwork0.366 6133 -
obs--99.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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