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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bon | ||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the macrocyclic peptide S1B3inL1 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Glycoprotein / macrocyclic peptide / Complex / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Tequatrovirus T4 (ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hurdiss, D.L. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A broad-spectrum macrocyclic peptide inhibitor of the SARS-CoV-2 spike protein. 著者: Vito Thijssen / Daniel L Hurdiss / Oliver J Debski-Antoniak / Matthew A Spence / Charlotte Franck / Alexander Norman / Anupriya Aggarwal / Nadia J Mokiem / David A A van Dongen / Stein W ...著者: Vito Thijssen / Daniel L Hurdiss / Oliver J Debski-Antoniak / Matthew A Spence / Charlotte Franck / Alexander Norman / Anupriya Aggarwal / Nadia J Mokiem / David A A van Dongen / Stein W Vermeir / Minglong Liu / Wentao Li / Marianthi Chatziandreou / Tim Donselaar / Wenjuan Du / Ieva Drulyte / Berend-Jan Bosch / Joost Snijder / Stuart G Turville / Richard J Payne / Colin J Jackson / Frank J M van Kuppeveld / Seino A K Jongkees / 要旨: The ongoing COVID-19 pandemic has had great societal and health consequences. Despite the availability of vaccines, infection rates remain high due to immune evasive Omicron sublineages. Broad- ...The ongoing COVID-19 pandemic has had great societal and health consequences. Despite the availability of vaccines, infection rates remain high due to immune evasive Omicron sublineages. Broad-spectrum antivirals are needed to safeguard against emerging variants and future pandemics. We used messenger RNA (mRNA) display under a reprogrammed genetic code to find a spike-targeting macrocyclic peptide that inhibits SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) Wuhan strain infection and pseudoviruses containing spike proteins of SARS-CoV-2 variants or related sarbecoviruses. Structural and bioinformatic analyses reveal a conserved binding pocket between the receptor-binding domain, N-terminal domain, and S2 region, distal to the angiotensin-converting enzyme 2 receptor-interaction site. Our data reveal a hitherto unexplored site of vulnerability in sarbecoviruses that peptides and potentially other drug-like molecules can target. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bon.cif.gz | 585.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bon.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bon.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bon_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bon_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bon_validation.xml.gz | 95.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bon_validation.cif.gz | 144.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8bon | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16144MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141048.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス), (組換発現) Tequatrovirus T4 (ウイルス) 遺伝子: S, 2, wac / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2252.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.429 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7.19 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2612 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 483282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38457 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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