PDB-8bny: Structure of the tetramerization domain of pLS20 conjugation repr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bny

タイトル

Structure of the tetramerization domain of pLS20 conjugation repressor Rco

要素

Immunity repressor protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / tetramerization / repressor / conjugation / Gram+

機能・相同性

Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Immunity repressor protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.429 Å

データ登録者

Bernardo, N. / Crespo, I. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: A tetramerization domain in prokaryotic and eukaryotic transcription regulators homologous to p53.
著者: Bernardo, N. / Crespo, I. / Cuppari, A. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bny.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bny.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bny_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bny_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	8bny_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	8bny_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Immunity repressor protein

B: Immunity repressor protein

C: Immunity repressor protein

D: Immunity repressor protein

ヘテロ分子

74.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.328, 36.182, 109.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Immunity repressor protein 分子量: 18614.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: E9RIY8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 28% (v/v) PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.409→34.36 Å / Num. obs: 18842 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.409→1.433 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 943 / CC_1/2: 0.512 / R_rim(I) all: 0.78 / R_sym value: 0.714

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		data processing
Arcimboldo		位相決定
PHENIX	1.12-2829	精密化
Coot		モデル構築
PHENIX	1.12-2829	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.429→34.356 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	900	4.84 %
R_work	0.2332	17681	-
obs	0.234	18581	69.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.83 Å² / B_iso mean: 38.4852 Å² / B_iso min: 11.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.429→34.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1192	0	1	62	1255
B_iso mean	-	-	55.35	38.39	-
残基数	-	-	-	-	140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	1604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.739	496

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4295-1.519	0.3732	13	0.3276	282	7
1.519-1.6363	0.3382	70	0.3086	1387	33
1.6363-1.801	0.3223	178	0.3204	3432	81
1.801-2.0616	0.312	217	0.346	3976	95
2.0616-2.5972	0.3031	190	0.2735	4208	98
2.5972-34.356	0.2121	232	0.1871	4396	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.7148 Å / Origin y: -4.9982 Å / Origin z: 15.5876 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0449 Å²	0.0004 Å²	-0.0071 Å²	-	0.0276 Å²	-0.038 Å²	-	-	0.0559 Å²
L	4.6517 °²	-0.7031 °²	-0.0943 °²	-	1.5658 °²	1.0686 °²	-	-	2.7582 °²
S	0.0954 Å °	0.5613 Å °	-0.0556 Å °	-0.0772 Å °	-0.0261 Å °	-0.117 Å °	-0.2528 Å °	0.2187 Å °	0.0299 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	125 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	124 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	124 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	124 - 159
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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