PDB-8bnw: X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bnw

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermoglucosidasius - apo form

要素

ABC transporter

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic / Siderophore binding / Bacterial / apo protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.133 Å

データ登録者

Blagova, E.V. / Bennett, M. / Booth, R. / Dodson, E.J. / Duhme-KLair, A.-K. / Wilson, K.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bnw.cif.gz	123.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bnw.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bnw_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bnw_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	8bnw_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	8bnw_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7xC 8bawC 8baxC 8bf6SC 8bj9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.369, 118.433, 141.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 32718.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 遺伝子: BAA00_15370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y3Q1V3
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 17% PEG 3350; 0.1M MES, pH 6.5, 0.1M MgAc; Cryo- EthGl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→70.623 Å / Num. obs: 17078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 17.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.05-70.52	10.4	0.018	266	1	0.007	0.019
2.13-2.19	12.9	3.272	1377	0.377	1.352	3.543

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BF6

8bf6

解像度: 2.133→70.623 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 10.914 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2661	862	5.057 %
R_work	0.2216	16183	-
all	0.224	-	-
obs	-	17045	99.93 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.572 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.088 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.133→70.623 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2167	0	15	9	2191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.643	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.388	1.566	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.1	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.305	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.985	10	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.585	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.447	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.324	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.962	7.66	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.96	7.659	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.954	11.489	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.952	11.492	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.681	7.948	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.414	7.958	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.103	11.779	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.825	11.784	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.572	105.719	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.572	105.739	2471

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.133-2.188	0.397	61	0.379	1173	0.38	1234	0.882	0.859	100	0.382
2.188-2.248	0.376	74	0.362	1116	0.363	1190	0.846	0.877	100	0.365
2.248-2.313	0.39	59	0.348	1122	0.35	1181	0.894	0.892	100	0.349
2.313-2.384	0.433	53	0.313	1095	0.318	1148	0.862	0.923	100	0.314
2.384-2.462	0.324	63	0.294	1040	0.295	1103	0.915	0.943	100	0.288
2.462-2.549	0.336	54	0.328	1024	0.329	1079	0.92	0.932	99.9073	0.317
2.549-2.645	0.198	34	0.304	997	0.3	1031	0.974	0.936	100	0.285
2.645-2.753	0.281	58	0.285	946	0.285	1004	0.947	0.945	100	0.258
2.753-2.875	0.376	53	0.249	905	0.256	958	0.942	0.964	100	0.223
2.875-3.015	0.288	53	0.249	868	0.252	921	0.931	0.966	100	0.222
3.015-3.178	0.301	38	0.253	845	0.255	883	0.949	0.964	100	0.225
3.178-3.37	0.275	32	0.266	794	0.266	826	0.951	0.962	100	0.25
3.37-3.602	0.356	35	0.283	770	0.286	805	0.927	0.952	100	0.27
3.602-3.89	0.27	48	0.256	674	0.257	722	0.969	0.964	100	0.241
3.89-4.26	0.17	38	0.182	653	0.181	691	0.98	0.982	100	0.174
4.26-4.76	0.202	28	0.143	597	0.145	625	0.972	0.987	100	0.135
4.76-5.493	0.374	29	0.172	516	0.181	545	0.941	0.982	100	0.165
5.493-6.717	0.213	29	0.18	459	0.182	488	0.969	0.979	100	0.173
6.717-9.456	0.231	15	0.159	363	0.162	378	0.973	0.985	100	0.145
9.456-70.623	0.126	8	0.185	226	0.182	240	0.988	0.966	97.5	0.154

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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