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万見
- PDB-8bm7: Hairpin adopted by oligonucleotide A38 found in the promoter of A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bm7
タイトルHairpin adopted by oligonucleotide A38 found in the promoter of AUTS2 gene.
要素A38
キーワードDNA / AUTS2 / sheared GA / CGAG block / hairpin
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Novotny, A.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
Slovenian Research AgencyZ1-3192 スロベニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural polymorphism driven by a register shift in a CGAG-rich region found in the promoter of the neurodevelopmental regulator AUTS2 gene.
著者: Novotny, A. / Plavec, J. / Kocman, V.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8731
ポリマ－11,8731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, A38 oligonucleotide migrates a bit faster than a DNA duplex containing 20 base pairs.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 A38


分子量: 11872.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D DQF-COSY
131isotropic22D 1H-31P CT-COSY
242isotropic12D NOESY
153isotropic22D 1H-13C HSQC
164isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.2 mM DNA, 20 mM potassium phosphate, 100% D2OA38_D2O 1.2mM DNA 20mM KPi buffer pH7.2A38_1100% D2O
solution21.2 mM DNA, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2OA38_H2O 1.2mM DNA 20mM KPi buffer pH7.2A38_290% H2O/10% D2O
solution30.6 mM Residue-specific, 10% 13C/15N DNA, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2OA38_H2O 0.6mM DNA 20mM KPi buffer pH7.2A38_390% H2O/10% D2O
solution40.6 mM 10 residues, 10% 13C/15N DNA, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2OA38_H2O 0.6mM DNA 20mM KPi buffer pH7.2A38_490% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMDNAnatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1.2 mMDNAnatural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.6 mMDNAResidue-specific, 10% 13C/15N3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
0.6 mMDNA10 residues, 10% 13C/15N4
20 mMpotassium phosphatenatural abundance4
試料状態

イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 2 / pH: 7.2 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm

Conditions-IDLabel温度 (K)
11298 K
22278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001HCN cryoprobe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002HCNP cryoprobe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madisonchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madisonデータ解析
Amber2020Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 / 詳細: See attached restraint files.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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