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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bm3 | |||||||||
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タイトル | H207A mutant of E. coli PgpB, a PAP2 type phosphatidyl glycerol phosphate and C55-PP phosphatase, in complex with farnesyl pyrophosphate | |||||||||
![]() | Phosphatidylglycerophosphatase B | |||||||||
![]() | HYDROLASE / C15-PP / PGP phosphatase / lipid metabolism | |||||||||
機能・相同性 | ![]() diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process ...diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / phospholipid catabolic process / plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan biosynthetic process / cell outer membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Delbrassine, F. / El Ghachi, M. / Lambion, A. / Herman, R. / Kerff, F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: H207A mutant of E. coli PgpB, a PAP2 type phosphatidyl glycerol phosphate and C55-PP phosphatase, in complex with farnesyl pyrophosphate 著者: Delbrassine, F. / El Ghachi, M. / Lambion, A. / Herman, R. / Kerff, F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jwyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30263.545 Da / 分子数: 4 / 変異: H207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A924, phosphatidylglycerophosphatase, diacylglycerol diphosphate phosphatase, phosphatidate phosphatase, undecaprenyl-diphosphate phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-FPP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 7, ammonium sulfate 2,77 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→47.77 Å / Num. obs: 19616 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.82 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 2.51 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 3084 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JWY 解像度: 3.5→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.585
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原子変位パラメータ | Biso mean: 113.47 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.59 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.5→47.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.69 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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