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- PDB-8bm3: H207A mutant of E. coli PgpB, a PAP2 type phosphatidyl glycerol p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bm3
タイトルH207A mutant of E. coli PgpB, a PAP2 type phosphatidyl glycerol phosphate and C55-PP phosphatase, in complex with farnesyl pyrophosphate
要素Phosphatidylglycerophosphatase B
キーワードHYDROLASE / C15-PP / PGP phosphatase / lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process ...diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / phospholipid catabolic process / plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan biosynthetic process / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / Phosphatidylglycerophosphatase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Delbrassine, F. / El Ghachi, M. / Lambion, A. / Herman, R. / Kerff, F.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)MIS 6983808 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)PDR-40008487 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: H207A mutant of E. coli PgpB, a PAP2 type phosphatidyl glycerol phosphate and C55-PP phosphatase, in complex with farnesyl pyrophosphate
著者: Delbrassine, F. / El Ghachi, M. / Lambion, A. / Herman, R. / Kerff, F.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerophosphatase B
B: Phosphatidylglycerophosphatase B
C: Phosphatidylglycerophosphatase B
D: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5838
ポリマ－121,0544
非ポリマー1,5294
水00
1
A: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6462
ポリマ－30,2641
非ポリマー3821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6462
ポリマ－30,2641
非ポリマー3821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6462
ポリマ－30,2641
非ポリマー3821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6462
ポリマ－30,2641
非ポリマー3821
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.720, 61.620, 144.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
Phosphatidylglycerophosphatase B / Diacylglycerol pyrophosphate phosphatase / DGPP phosphatase / Phosphatidate phosphatase / ...Diacylglycerol pyrophosphate phosphatase / DGPP phosphatase / Phosphatidate phosphatase / Undecaprenyl pyrophosphate phosphatase / Undecaprenyl-diphosphatase


分子量: 30263.545 Da / 分子数: 4 / 変異: H207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pgpB, b1278, JW1270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A924, phosphatidylglycerophosphatase, diacylglycerol diphosphate phosphatase, phosphatidate phosphatase, undecaprenyl-diphosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 7, ammonium sulfate 2,77 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→47.77 Å / Num. obs: 19616 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.82
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 2.51 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 3084 / CC1/2: 0.502 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JWY

6jwy


解像度: 3.5→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.585
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 981 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.239 19616 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 113.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.4724 Å20 Å23.4172 Å2
2---8.5897 Å20 Å2
3----7.8826 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7712 0 96 0 7808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018056HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0911012HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2660SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1276HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8056HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1016SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10204SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 142 4.99 %
Rwork0.2357 2703 -
all0.2396 2845 -
obs--97.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0169-0.83031.12032.55230.37212.65240.06170.49050.1261-0.2668-0.0839-0.1636-0.20770.03910.0222-0.0247-0.10850.15640.34870.0149-0.42930.304988.7194172.1282
23.14840.651-0.68162.7498-0.25983.94410.0484-0.557-0.08810.2009-0.0505-0.17330.1058-0.02880.0022-0.07960.0480.03760.3490.0285-0.367274.654691.1753188.4623
34.89920.7980.89781.48590.89954.380.0840.2048-0.5173-0.1991-0.0416-0.22970.62020.1609-0.0424-0.03560.08160.08680.3161-0.0411-0.424854.323666.5522171.1465
45.6949-0.3207-1.28881.47860.21213.2278-0.0234-0.58940.58270.27940.119-0.2026-0.58040.201-0.09560.0462-0.13830.01890.1662-0.073-0.39129.953113.367189.4243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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