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- PDB-8blv: The PDZ domains of human SDCBP with a bound SDC4 C-terminal peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8blv
タイトルThe PDZ domains of human SDCBP with a bound SDC4 C-terminal peptide
要素
  • Syndecan-4
  • Syntenin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / regulation of fibroblast migration / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / interleukin-5 receptor complex / HS-GAG biosynthesis / interleukin-5 receptor binding ...Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / regulation of fibroblast migration / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / interleukin-5 receptor complex / HS-GAG biosynthesis / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / inner ear receptor cell stereocilium organization / HS-GAG degradation / syndecan binding / Neurofascin interactions / neurexin family protein binding / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / costamere / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / ureteric bud development / Syndecan interactions / thrombospondin receptor activity / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / fibronectin binding / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Retinoid metabolism and transport / cell adhesion molecule binding / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of T cell proliferation / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / protein sequestering activity / lysosomal lumen / regulation of mitotic cell cycle / protein kinase C binding / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / wound healing / Regulation of necroptotic cell death / Golgi lumen / azurophil granule lumen / melanosome / cell migration / extracellular vesicle / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / blood microparticle / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / Attachment and Entry / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Syndecan / Syndecan, conserved site / Syndecans signature. / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / PDZ domain / Pdz3 Domain ...Syndecan / Syndecan, conserved site / Syndecans signature. / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Syntenin-1 / Syndecan-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Daniel-Mozo, M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U54AG065187-03 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The PDZ domains of human SDCBP with a bound SDC4 C-terminal peptide
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Daniel-Mozo, M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
B: Syntenin-1
C: Syndecan-4
D: Syndecan-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,22211
ポリマ－44,6864
非ポリマー5367
水6,215345
1
A: Syntenin-1
C: Syndecan-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6596
ポリマ－22,3432
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Syntenin-1
D: Syndecan-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5635
ポリマ－22,3432
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.710, 67.462, 106.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSER109 - 2856 - 182
2GLUGLU109 - 2976 - 194

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 21430.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: タンパク質・ペプチド Syndecan-4 / SYND4 / Amphiglycan / Ryudocan core protein


分子量: 911.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31431
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 200 mM sodium sulphate, 100 mM bis-tris-propane, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→106.74 Å / Num. obs: 66371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 79.2 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3237 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 2.217

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1n99

1n99


解像度: 1.5→57.027 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.216 / WRfactor Rwork: 0.172 / SU B: 2.476 / SU ML: 0.081 / Average fsc free: 0.9266 / Average fsc work: 0.9365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2006 3.031 %
Rwork0.1817 64184 -
all0.183 --
obs-66190 99.846 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.561 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.349 Å2-0 Å2
3----2.909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→57.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 31 345 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0123136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.6434237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5821.5696983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7165409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.876520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71510591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.83110136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.22687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21504
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.120.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1380.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.180.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8213.3091561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.823.3091561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.544.9291950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5394.9291951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7553.8481575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7543.8481576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8355.5572272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8345.5582273
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.9755.6193541
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.97151.2233445
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1270.055208
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.126520.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.126520.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.5-1.5390.371250.4147080.40948420.8130.81599.81410.396
1.539-1.5810.431530.37645210.37846910.8010.84199.63760.35
1.581-1.6270.3591340.34244490.34346020.8620.8699.58710.314
1.627-1.6770.2961340.31643090.31544530.8960.89399.77540.287
1.677-1.7320.3481360.29342210.29443680.9010.91399.74820.258
1.732-1.7930.3051300.25440200.25641670.9260.94399.5920.214
1.793-1.860.2551300.22739060.22740410.9490.95999.87630.189
1.86-1.9360.2361190.20737690.20838940.9610.96899.84590.171
1.936-2.0220.2411150.18236420.18437590.960.97799.94680.154
2.022-2.1210.1951140.1734720.17135880.9740.98199.94430.148
2.121-2.2350.213980.15333260.15434250.9750.98699.97080.135
2.235-2.370.205990.15531400.15732400.9740.98599.96910.14
2.37-2.5340.264860.17229630.17430510.9630.98299.93440.157
2.534-2.7360.176740.16327810.16428550.9790.9831000.155
2.736-2.9970.238780.17125660.17326440.9640.9821000.166
2.997-3.3490.204700.16523390.16624090.9750.9841000.169
3.349-3.8650.183670.15720600.15821270.9820.9871000.169
3.865-4.7290.13540.12417760.12418300.9890.9911000.143
4.729-6.6650.247580.17313840.17514420.9690.9841000.202
6.665-57.0270.232320.1868320.1888640.9630.9761000.226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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