PDB-8blu: The PDZ domains of human SDCBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8blu

タイトル

The PDZ domains of human SDCBP

要素

Syntenin-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Apo / cytosolic

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Daniel-Mozo, M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The PDZ domains of human SDCBP
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Daniel-Mozo, M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8blu.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8blu.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8blu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8blu_validation.pdf.gz	540.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8blu_full_validation.pdf.gz	552.3 KB	表示
XML形式データ	8blu_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	8blu_validation.cif.gz	59.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8blu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8blu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1n99S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Syntenin-1

B: Syntenin-1

C: Syntenin-1

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

87.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.603, 49.588, 118.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.928, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
2	1	1	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
3	2	2	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195
4	2	2	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195
5	3	3	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195
6	3	3	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195
7	4	4	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
8	4	4	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
9	5	5	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
10	5	5	GLU	GLU	106 - 297	3 - 194
11	6	6	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195
12	6	6	VAL	VAL	106 - 298	3 - 195

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1 分子量: 21430.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560

#1: タンパク質

Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...

分子量: 21430.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560

-
非ポリマー , 8種, 796分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#8: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 50 mM imidazole, 50 mM MES, 100 mM Morpheus amino acid mix, 8.3% PEG 8000, 16.6% Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→68.07 Å / Num. obs: 147705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 18.9 % / R_merge(I) obs: 5.446 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 7241 / CC_1/2: 0.416 / R_pim(I) all: 1.84 / R_rim(I) all: 5.754 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N99

1n99

解像度: 1.5→63.955 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.169 / SU B: 2.082 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0.9454 / Average fsc work: 0.9554 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	2055	1.392 %
R_work	0.183	145584	-
all	0.184	-	-
obs	-	147639	99.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.933 Å²	-0 Å²	0.63 Å²
2-	-	1.169 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.671 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→63.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5950	0	121	774	6845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	6448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.641	8716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.581	1.57	14610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.112	5	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.349	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.695	10	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.409	10	268
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	5724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.252	3.229	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.251	3.23	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.369	4.827	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.372	4.828	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.661	3.642	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.658	3.642	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.538	5.287	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.537	5.287	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.127	48.148	7313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.048	44.187	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.108	0.05	5760
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.127	0.05	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.128	0.05	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.108	0.05	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.11	0.05	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.1	0.05	6063

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10772	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10772	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12666	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12666	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12777	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12777	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10788	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10788	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11049	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11049	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09972	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09972	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.385	177	0.411	10667	0.41	10844	0.876	0.867	100	0.398
1.539-1.581	0.391	179	0.356	10359	0.357	10538	0.905	0.896	100	0.345
1.581-1.627	0.343	144	0.313	10164	0.313	10315	0.902	0.915	99.9321	0.296
1.627-1.677	0.323	150	0.283	9806	0.284	9964	0.905	0.934	99.9197	0.262
1.677-1.732	0.311	128	0.258	9596	0.258	9729	0.945	0.951	99.9486	0.232
1.732-1.793	0.258	157	0.235	9235	0.236	9401	0.958	0.963	99.9043	0.21
1.793-1.86	0.256	118	0.219	8914	0.219	9040	0.956	0.97	99.9115	0.192
1.86-1.936	0.224	104	0.196	8613	0.196	8720	0.973	0.976	99.9656	0.17
1.936-2.022	0.205	117	0.19	8239	0.191	8356	0.974	0.977	100	0.169
2.022-2.121	0.225	115	0.18	7895	0.181	8014	0.971	0.98	99.9501	0.161
2.121-2.235	0.229	93	0.171	7566	0.171	7662	0.968	0.982	99.9608	0.155
2.235-2.371	0.218	106	0.168	7122	0.169	7228	0.973	0.983	100	0.154
2.371-2.534	0.214	86	0.162	6701	0.162	6787	0.971	0.984	100	0.15
2.534-2.737	0.162	88	0.157	6244	0.158	6332	0.981	0.985	100	0.15
2.737-2.998	0.158	77	0.164	5749	0.164	5826	0.983	0.984	100	0.158
2.998-3.35	0.228	74	0.173	5256	0.173	5330	0.968	0.983	100	0.17
3.35-3.867	0.206	43	0.169	4641	0.169	4684	0.977	0.985	100	0.17
3.867-4.732	0.192	43	0.144	3948	0.145	3991	0.979	0.988	100	0.15
4.732-6.673	0.252	41	0.172	3088	0.173	3129	0.98	0.986	100	0.179
6.673-63.955	0.195	15	0.18	1781	0.18	1796	0.986	0.976	100	0.185

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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