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- PDB-8blq: Cryo-EM structure of the CODV-IL13-RefAb triple complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8blq
タイトルCryo-EM structure of the CODV-IL13-RefAb triple complex
要素
  • CODV-Fab, heavy chain
  • CODV-Fab, light chain
  • Interleukin-13, human
  • RefAb, heavy chain
  • RefAb, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytosolic / bispecific / Fab / therapeutical
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / cytokine receptor binding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Fernandez-Martinez, D. / Kandiah, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other government2017/1309 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the bi-specific cross-over dual variable antibody architecture by cryo-EM.
著者: David Fernandez-Martinez / Mark D Tully / Gordon Leonard / Magali Mathieu / Eaazhisai Kandiah /
要旨: Multi-specific antibodies (msAbs) are being developed as next generation antibody-based therapeutics. Knowledge of the three-dimensional structures, in the full antibody context, of their fragment ...Multi-specific antibodies (msAbs) are being developed as next generation antibody-based therapeutics. Knowledge of the three-dimensional structures, in the full antibody context, of their fragment antigen-binding (Fab) moieties with or without bound antigens is key to elucidating their therapeutic efficiency and stability. However, the flexibility of msAbs, a feature essential for their multi specificity, has hindered efforts in this direction. Cross-Over Dual Variable immunoglobulin (CODV) is a promising bispecific antibody format, designed to simultaneously target the interleukins IL4 and IL13. In this work we present the biophysical and structural characterisation of a CODV:IL13 complex in the full antibody context, using cryo-electron microscopy at an overall resolution of 4.2 Å. Unlike the 1:2 stoichiometry previously observed for CODV:IL4, CODV:IL13 shows a 1:1 stoichiometry. As well as providing details of the IL13-CODV binding interface, including the residues involved in the epitope-paratope region, the structure of CODV:IL13 also validates the use of labelling antibody as a new strategy for the single particle cryo-EM study of msAbs in complex with one, or more, antigens. This strategy reduced the inherent flexibility of the IL13 binding domain of CODV without inducing either structural changes at the epitope level or steric hindrance between the IL4 and IL13 binding regions of CODV. The work presented here thus also contributes to the development of methodology for the structural study of msAbs, a promising platform for cancer immunotherapy.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CODV-Fab, heavy chain
B: CODV-Fab, light chain
C: RefAb, light chain
D: Interleukin-13, human
E: RefAb, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9725
ポリマ－130,9725
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, IL-13 and RefAb are bound to a full-antibody CODV with a 1:1:1 stoichiometry., 電子顕微鏡法, Most particles in negative-stain EM suggest a 1:1:1 stoichiometry, gel filtration, ...根拠: SAXS, IL-13 and RefAb are bound to a full-antibody CODV with a 1:1:1 stoichiometry., 電子顕微鏡法, Most particles in negative-stain EM suggest a 1:1:1 stoichiometry, gel filtration, Clear shift observed compared to apo- and IL13-bound CODV elution peaks.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12090 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area54430 Å2

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要素

#1: 抗体 CODV-Fab, heavy chain


分子量: 36907.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK-293-FS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CODV-Fab, light chain


分子量: 35726.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK-293-FS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 RefAb, light chain


分子量: 22510.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: タンパク質 Interleukin-13, human


分子量: 12077.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VB50
#5: 抗体 RefAb, heavy chain


分子量: 23751.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218792 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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