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万見
- PDB-8blb: Human serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine (nan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8blb
タイトルHuman serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine (nanodiscs, ECD, active/distorted conformation)
要素5-hydroxytryptamine receptor 3A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human pentameric ligand-gated ion channel / Human serotonin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated cation-selective signaling pathway / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin receptor signaling pathway / transmembrane transporter complex / serotonin binding / : / cleavage furrow ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated cation-selective signaling pathway / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin receptor signaling pathway / transmembrane transporter complex / serotonin binding / : / cleavage furrow / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lopez-Sanchez, U. / Nury, H.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)637733European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural determinants for activity of the antidepressant vortioxetine at human and rodent 5-HT receptors.
著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam ...著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam Grønlund Pedersen / Sarah C R Lummis / Benny Bang-Andersen / Birgit Schiøtt / Christophe Chipot / Guy Schoehn / Jacques Neyton / Francois Dehez / Hugues Nury / Anders S Kristensen /
要旨: Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor ...Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor (5-HTR), which features two properties: VTX acts differently on rodent and human 5-HTR, and VTX appears to suppress any subsequent response to agonists. Using a combination of cryo-EM, electrophysiology, voltage-clamp fluorometry and molecular dynamics, we show that VTX stabilizes a resting inhibited state of the mouse 5-HTR and an agonist-bound-like state of human 5-HTR, in line with the functional profile of the drug. We report four human 5-HTR structures and show that the human receptor transmembrane domain is intrinsically fragile. We also explain the lack of recovery after VTX administration via a membrane partition mechanism.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年5月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
B: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
C: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
D: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
E: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,70425
ポリマ－260,8625
非ポリマー6,84220
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area22720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area45900 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
5-hydroxytryptamine receptor 3A / 5-HT3-A / 5-HT3A / 5-hydroxytryptamine receptor 3 / 5-HT-3 / 5-HT3R / Serotonin receptor 3A / ...5-HT3-A / 5-HT3A / 5-hydroxytryptamine receptor 3 / 5-HT-3 / 5-HT3R / Serotonin receptor 3A / Serotonin-gated ion channel receptor


分子量: 52172.324 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTR3A, 5HT3R, HTR3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46098
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-VTX / Vortioxetine / 1-[2-(2,4-dimethylphenyl)sulfanylphenyl]piperazine / 1-(2-((2,4-Dimethylphenyl)thio)phenyl)piperazine


分子量: 298.446 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human 5HT3A receptor in complex with vortioxetine / タイプ: COMPLEX
詳細: (nanodiscs, ECD only, active/distorted conformation)
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31911 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029675
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46913205
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.2711385
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461490
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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