PDB-8bke: Crystal structure of the Klebsiella phage KP34p57 capsular depoly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bke

タイトル

Crystal structure of the Klebsiella phage KP34p57 capsular depolymerase

要素

Uncharacterized protein 57

キーワード

VIRAL PROTEIN / phage / capsulae

機能・相同性

symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / Depolymerase, capsule K63-specific

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella phage KP34 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Berisio, R. / Squeglia, F.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Klebsiella phage KP34gp57 capsular depolymerase structure and function: from a serendipitous finding to the design of active mini-enzymes against K. pneumoniae.
著者: Maciejewska, B. / Squeglia, F. / Latka, A. / Privitera, M. / Olejniczak, S. / Switala, P. / Ruggiero, A. / Marasco, D. / Kramarska, E. / Drulis-Kawa, Z. / Berisio, R.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bke.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bke.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Uncharacterized protein 57

BBB: Uncharacterized protein 57

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Uncharacterized protein 57

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
67.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Uncharacterized protein 57

登録者が定義した集合体
67.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.340, 140.985, 81.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.633, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 57 分子量: 67706.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella phage KP34 (ファージ) / 遺伝子: 57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1L302
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.04 M cytric acid, 0.06 M bis-tris propane, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 203918 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / R_merge(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 2652 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000	HKL2000_712-Linux	データ削減
HKL-2000	HKL2000_712-Linux	データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.47 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	746	1.663 %
R_work	0.2043	44126	-
all	0.205	-	-
obs	-	48807	78.471 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.081 Å²	0 Å²	0.038 Å²
2-	-	-0.066 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6480	0	0	419	6899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.63	9020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.257	1.57	13776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.719	5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.13	21.395	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.9	15	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.091	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.326	3.192	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.324	3.191	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.323	4.781	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.323	4.782	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.432	3.387	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.432	3.388	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.563	4.997	4746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.563	4.998	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.83	38.648	7451
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.767	38.464	7369

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.051	0.324	27	0.251	1326	0.252	4146	0.83	0.884	32.6339	0.216
2.051-2.106	0.234	31	0.251	1703	0.251	4041	0.844	0.844	42.9102	0.226
2.106-2.166	0.359	45	0.309	2198	0.31	3935	0.823	0.848	57.0013	0.275
2.166-2.231	0.255	42	0.237	2723	0.237	3827	0.872	0.862	72.2498	0.21
2.231-2.303	0.271	40	0.198	3116	0.199	3684	0.884	0.905	85.6678	0.172
2.303-2.381	0.352	57	0.208	3266	0.21	3616	0.842	0.91	91.8971	0.176
2.381-2.469	0.235	46	0.21	2914	0.21	3446	0.914	0.909	85.8967	0.172
2.469-2.567	0.278	57	0.209	2921	0.21	3377	0.897	0.921	88.1848	0.173
2.567-2.677	0.265	41	0.229	2522	0.23	3181	0.917	0.921	80.5721	0.182
2.677-2.804	0.295	60	0.213	2625	0.215	3066	0.897	0.918	87.5734	0.173
2.804-2.95	0.336	35	0.241	2330	0.243	2958	0.887	0.913	79.9527	0.189
2.95-3.121	0.288	42	0.205	2318	0.207	2739	0.9	0.923	86.1628	0.169
3.121-3.326	0.25	51	0.193	2483	0.194	2622	0.913	0.94	96.6438	0.172
3.326-3.578	0.283	30	0.217	2392	0.217	2464	0.925	0.947	98.2955	0.202
3.578-3.897	0.224	33	0.203	2167	0.203	2273	0.942	0.941	96.7884	0.189
3.897-4.321	0.204	29	0.173	1910	0.173	2072	0.947	0.942	93.5811	0.156
4.321-4.922	0.141	24	0.162	1663	0.161	1831	0.978	0.955	92.1354	0.158
4.922-5.872	0.172	32	0.176	1470	0.176	1586	0.954	0.948	94.7037	0.171
5.872-7.733	0.235	8	0.184	1239	0.185	1296	0.934	0.945	96.2191	0.177
7.733-15	0.198	16	0.192	840	0.192	859	0.945	0.966	99.6508	0.194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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