PDB-8bk1: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bk1

タイトル

Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

要素

Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Amine / Imine NADPH / biocatalyst

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis azurea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gilio, A.K. / Grogan, G.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Engineering of a Reductive Aminase to Enable the Synthesis of a Key Intermediate to a CDK 2/4/6 Inhibitor
著者: Steflik, J. / Gilio, A. / Burns, M. / Grogan, G. / Kumar, R. / Lewis, R. / Martinez, C.

履歴

登録	2022年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bk1.cif.gz	232.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bk1.ent.gz	187.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bj5C 6jizS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

B: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

C: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

D: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

B: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

C: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

D: Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	186.027, 186.027, 373.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-444- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Mutant Imine Reductase IR007-143 from Amycolatopsis azurea, E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L 分子量: 30913.084 Da / 分子数: 4 / 変異: E120A, M197W, M206S, A213P, D238G, I240L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis azurea (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M2QI47
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bistris, 0.1 M NaCl, 1.5 M ammonium sulfate, 6% 1,4-butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→62.32 Å / Num. obs: 68344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / R_merge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4549 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.38 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JIZ

6jiz

解像度: 2.7→62.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 7.934 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21087	3394	5 %	RANDOM
R_work	0.1882	-	-	-
obs	0.18932	64923	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.075 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→62.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8554	0	232	232	9018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	9048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.632	12341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.576	19210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.777	5	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.477	21.906	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.649	15	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.116	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.064	6.333	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.041	6.332	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.385	9.485	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.385	9.486	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.596	6.607	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.563	6.594	4407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.303	9.731	6541
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.042	73.206	9819
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.044	73.205	9804
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8815	0.07
1	2	B	8815	0.07
2	1	A	8661	0.06
2	2	D	8661	0.06
3	1	A	8500	0.08
3	2	C	8500	0.08
4	1	B	8691	0.07
4	2	D	8691	0.07
5	1	B	8448	0.09
5	2	C	8448	0.09
6	1	D	8485	0.07
6	2	C	8485	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	245	-
R_work	0.285	4769	-
obs	-	-	99.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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