PDB-8bjy: Engineered Fructosyl Peptide Oxidase - X02B mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bjy

タイトル

Engineered Fructosyl Peptide Oxidase - X02B mutant

要素

Fructosyl Peptide Oxidase mutant (X02B)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FAD / deglycating enzyme / Amadori product / Fructosyl Peptide Oxidase

機能・相同性

saccharopine oxidase activity / MTOX family / sarcosine oxidase activity / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / flavin adenine dinucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD dependent oxidoreductase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Parastagonospora nodorum SN15 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.475 Å

データ登録者

Estiri, H. / Bhattacharya, S. / Rodriguez-Buitrago, J.A. / Parisini, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Tailoring FPOX enzymes for enhanced stability and expanded substrate recognition.
著者: Estiri, H. / Bhattacharya, S. / Buitrago, J.A.R. / Castagna, R. / Legzdina, L. / Casucci, G. / Ricci, A. / Parisini, E. / Gautieri, A.

履歴

登録	2022年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bjy.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bjy.ent.gz	143.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bjy_validation.pdf.gz	732.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bjy_full_validation.pdf.gz	736.2 KB	表示
XML形式データ	8bjy_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	8bjy_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8blxC 8blzC 8bmuC 6y4jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructosyl Peptide Oxidase mutant (X02B)

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.112, 88.493, 90.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fructosyl Peptide Oxidase mutant (X02B) 分子量: 48148.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parastagonospora nodorum SN15 (菌類) 株: SN15 / ATCC MYA-4574 / FGSC 10173 / 遺伝子: SNOG_08398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0UIL6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 20000 16-26%, MES 0.1M pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.475→63.421 Å / Num. obs: 82805 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.475→1.501 Å / 冗長度: 11.3 % / Num. unique obs: 4255 / R_rim(I) all: 0.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		data processing
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y4J

6y4j

解像度: 1.475→63.421 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.211 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 1.806 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.9493 / Average fsc work: 0.9548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	4009	4.957 %
R_work	0.1893	76862	-
all	0.191	-	-
obs	-	80871	93.716 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.441 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.256 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.475→63.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3342	0	65	333	3740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.697	1.649	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.582	1.573	7404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.263	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.113	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.669	10	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.566	10	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.449	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.289	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.089	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.69	2.689	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.689	2.689	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.875	4.025	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.878	4.026	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.801	3.103	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.8	3.106	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.569	4.466	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.568	4.468	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.985	39.736	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.889	37.538	4039

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.475-1.514	0.397	204	0.372	4312	0.373	6287	0.867	0.881	71.8308	0.373
1.514-1.555	0.404	271	0.39	5731	0.39	6165	0.885	0.89	97.356	0.387
1.555-1.6	0.361	287	0.368	5651	0.368	5953	0.914	0.91	99.748	0.358
1.6-1.649	0.357	288	0.355	5535	0.355	5835	0.915	0.919	99.7943	0.335
1.649-1.703	0.32	304	0.314	5340	0.314	5650	0.931	0.939	99.8938	0.29
1.703-1.763	0.28	252	0.258	5177	0.259	5434	0.952	0.958	99.908	0.231
1.763-1.83	0.243	241	0.217	5017	0.219	5258	0.961	0.969	100	0.193
1.83-1.904	0.234	290	0.189	4816	0.191	5106	0.964	0.977	100	0.169
1.904-1.989	0.207	254	0.168	4621	0.17	4878	0.974	0.982	99.9385	0.154
1.989-2.086	0.208	165	0.17	3092	0.172	4689	0.976	0.983	69.4604	0.159
2.086-2.198	0.222	217	0.185	4137	0.187	4432	0.973	0.982	98.2401	0.174
2.198-2.332	0.191	172	0.179	2958	0.18	4242	0.982	0.984	73.7859	0.17
2.332-2.492	0.191	196	0.174	3766	0.174	3962	0.979	0.985	100	0.166
2.492-2.692	0.204	206	0.169	3507	0.171	3713	0.979	0.985	100	0.162
2.692-2.948	0.22	147	0.171	3300	0.173	3447	0.976	0.985	100	0.168
2.948-3.295	0.19	130	0.167	2982	0.168	3112	0.978	0.984	100	0.17
3.295-3.803	0.197	119	0.168	2000	0.17	2764	0.979	0.983	76.6643	0.18
3.803-4.654	0.171	107	0.142	2098	0.144	2366	0.983	0.988	93.1953	0.166
4.654-6.564	0.223	95	0.198	1778	0.2	1873	0.977	0.986	100	0.23
6.564-63.421	0.191	64	0.202	1044	0.202	1110	0.983	0.979	99.8198	0.248

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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