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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bjm | |||||||||
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タイトル | Human full length RAD52 undecamer. | |||||||||
要素 | DNA repair protein RAD52 homologDNA修復 | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA repair protein (DNA修復) / oligomeric structure | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / regulation of nucleotide-excision repair / mitotic recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / デオキシリボ核酸 / double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / regulation of nucleotide-excision repair / mitotic recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / デオキシリボ核酸 / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair / cellular response to oxidative stress / single-stranded DNA binding / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Marotta, R. / Balboni, B. / Girotto, S. / Cavalli, A. | |||||||||
資金援助 | European Union, イタリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Novel structural insights on full-length human RAD52: Cryo-EM and beyond 著者: Balboni, B. / Marotta, R. / Rinaldi, F. / Girotto, S. / Cavalli, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bjm.cif.gz | 439.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bjm.ent.gz | 343.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 16089MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48044.637 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43351 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human full length RAD52 / タイプ: COMPLEX / 詳細: N-terminal 6xHis-RAD52 recombinant protein / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.650 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 318.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 17400 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4124609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C11 (11回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 835808 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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