PDB-8bj9: X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bj9

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermoglucosidasius - 5LICAM complex.

要素

ABC transporter

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic / Siderophore binding / Bacterial / apo protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.069 Å

データ登録者

Blagova, E.V. / Bennett, M. / Booth, R. / Dodson, E.J. / Duhme-KLair, A.-K. / Wilson, K.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bj9.cif.gz	297.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bj9.ent.gz	188.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bj9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bj9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8bj9_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	8bj9_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7xC 8bawC 8baxC 8bf6SC 8bnwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter

ヘテロ分子

33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.063, 117.392, 141.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- NI
2	1	A-307- SO4

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 32718.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 遺伝子: BAA00_15370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y3Q1V3

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5LC / N,N'-pentane-1,5-diylbis(2,3-dihydroxybenzamide) / N,N′-(ペンタン-1,5-ジイル)ビス(2,3-ジヒドロキシベンズアミド) 分子量: 374.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Opt 17. E9. 18% PEG 3350, 0.1M TRIS, pH8.5, 0.05M ZnAc, Cryo ethylene glycol. Ligand: 5mM Fe(III) 5-LICAM 1:10 ratio protein:ligand.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.976238 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976238 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.069→36.83 Å / Num. obs: 18904 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.1 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.02-36.8	21.6	0.052	274	0.998	0.015	0.054
2.07-2.13	13	3.363	1526	0.238	1.396	3.648

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BF6

8bf6

解像度: 2.069→36.827 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.27 / WR_factor R_work: 0.223 / SU B: 20.317 / SU ML: 0.225 / Average fsc free: 0.919 / Average fsc work: 0.9343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2656	938	4.979 %
R_work	0.2097	17902	-
all	0.213	-	-
obs	-	18840	99.493 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.691 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.534 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.069→36.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2167	0	37	12	2216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.649	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.419	1.567	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.099	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.789	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.912	10	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.707	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.523	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.31	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.096	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.285	5.262	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.285	5.262	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.361	7.891	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.359	7.891	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.636	5.53	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.456	5.534	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.096	8.174	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.034	8.174	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.825	65.303	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.825	65.274	2510

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.069-2.123	0.444	56	0.421	1286	0.422	1405	0.754	0.79	95.516	0.42
2.123-2.181	0.403	63	0.363	1258	0.365	1322	0.875	0.876	99.9244	0.368
2.181-2.244	0.352	79	0.35	1219	0.35	1305	0.872	0.854	99.4636	0.351
2.244-2.312	0.375	63	0.321	1171	0.324	1235	0.882	0.902	99.919	0.317
2.312-2.388	0.373	57	0.277	1183	0.282	1246	0.929	0.943	99.5185	0.271
2.388-2.471	0.337	63	0.265	1115	0.268	1181	0.945	0.948	99.746	0.246
2.471-2.564	0.364	59	0.27	1114	0.275	1174	0.929	0.956	99.9148	0.251
2.564-2.668	0.282	41	0.238	1061	0.24	1103	0.955	0.964	99.9093	0.215
2.668-2.786	0.266	65	0.243	1000	0.244	1067	0.939	0.968	99.8126	0.223
2.786-2.921	0.29	53	0.242	958	0.245	1011	0.954	0.968	100	0.225
2.921-3.078	0.299	53	0.252	925	0.255	979	0.933	0.964	99.8979	0.238
3.078-3.264	0.291	36	0.24	891	0.242	928	0.956	0.964	99.8922	0.232
3.264-3.487	0.35	40	0.238	822	0.243	862	0.905	0.966	100	0.238
3.487-3.764	0.225	38	0.245	775	0.244	813	0.969	0.967	100	0.256
3.764-4.119	0.198	46	0.187	715	0.188	761	0.971	0.978	100	0.203
4.119-4.598	0.204	35	0.15	658	0.153	693	0.975	0.984	100	0.171
4.598-5.295	0.321	33	0.159	580	0.167	613	0.952	0.982	100	0.186
5.295-6.452	0.309	28	0.21	502	0.216	530	0.919	0.972	100	0.238
6.452-8.987	0.184	22	0.159	414	0.161	436	0.976	0.983	100	0.187
8.987-36.827	0.184	8	0.16	255	0.161	268	0.985	0.981	98.1343	0.209

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.3597 Å / Origin y: 8.0893 Å / Origin z: -17.6544 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0845 Å²	-0.0269 Å²	0.0092 Å²	-	0.2988 Å²	-0.0639 Å²	-	-	0.1939 Å²
L	2.2004 °²	0.4577 °²	0.505 °²	-	3.3853 °²	1.3109 °²	-	-	3.0798 °²
S	-0.0586 Å °	-0.3584 Å °	0.6187 Å °	0.1776 Å °	-0.0048 Å °	0.2415 Å °	-0.3693 Å °	0.1448 Å °	0.0635 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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