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- PDB-8bj6: Crystal structure of YopR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bj6
タイトルCrystal structure of YopR
要素SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / yopR / phage-repressor / recombinase
機能・相同性: / : / MrpR, N-terminal core-binding domain / MrpR, C-terminal catalytic domain / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA binding / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gallego del Sol, F. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN) スペイン
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Characterization of a unique repression system present in arbitrium phages of the SPbeta family.
著者: Brady, A. / Cabello-Yeves, E. / Gallego Del Sol, F. / Chmielowska, C. / Mancheno-Bonillo, J. / Zamora-Caballero, S. / Omer, S.B. / Torres-Puente, M. / Eldar, A. / Quiles-Puchalt, N. / Marina, A. / Penades, J.R.
履歴
登録2022年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR
B: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR
C: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3043
ポリマ－112,3043
非ポリマー00
水99155
1
A: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4351
ポリマ－37,4351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4351
ポリマ－37,4351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4351
ポリマ－37,4351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.682, 108.007, 53.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YopR


分子量: 37434.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yopR, BSU20790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34558
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM Sodium phosphate dibasic/ Citric acid pH 4.2, 200 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→94.84 Å / Num. obs: 32678 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 209837
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 5.8 % / Num. measured all: 26583 / Num. unique obs: 4555 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.194 / Rrim(I) all: 0.46 / Net I/σ(I) obs: 3.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMACv7.0精密化
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→94.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 32.44 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 1634 5 %RANDOM
Rwork0.21789 ---
obs0.21977 30962 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.91 Å2-0 Å2-0.21 Å2
2--4.12 Å20 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→94.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7802 0 0 55 7857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.027916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.98710650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005317511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7785959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69624.959369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.348151492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3281539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9684.9983845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9674.9963844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3847.4884801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3847.494802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9465.2084071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9465.2094072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3427.6835850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.27756.5288727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.27656.5368726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.71

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A26013.61
22B25892.95
33C25884.54
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.515 130 -
Rwork0.369 2152 -
obs--92.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17370.2975-0.04970.72750.02260.08680.01230.0349-0.16120.0041-0.0995-0.2406-0.0243-0.13520.08720.07030.0387-0.01050.2366-0.06180.16453.0143-0.233510.0516
20.6087-0.31530.13670.26670.02360.1357-0.12330.0243-0.08590.0090.03320.1556-0.11960.08360.09020.1776-0.0847-0.02340.13520.04140.139127.3262-29.81119.618
31.2180.15450.04170.0238-0.01020.0592-0.0653-0.07370.3999-0.0463-0.00370.04010.13140.03540.0690.31660.09280.06490.02930.00170.158314.09696.98489.759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 320
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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