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万見
- PDB-8bi4: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bi4
タイトルHelical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
要素Coat protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / origami / capsid
機能・相同性Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Kumpula, E.-P. / Seitz, I. / Kostiainen, M.A. / Huiskonen, J.T.
資金援助European Union, フィンランド, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101002258European Union
Academy of Finland341057 フィンランド
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023
タイトル: DNA-origami-directed virus capsid polymorphism.
著者: Iris Seitz / Sharon Saarinen / Esa-Pekka Kumpula / Donna McNeale / Eduardo Anaya-Plaza / Vili Lampinen / Vesa P Hytönen / Frank Sainsbury / Jeroen J L M Cornelissen / Veikko Linko / Juha T ...著者: Iris Seitz / Sharon Saarinen / Esa-Pekka Kumpula / Donna McNeale / Eduardo Anaya-Plaza / Vili Lampinen / Vesa P Hytönen / Frank Sainsbury / Jeroen J L M Cornelissen / Veikko Linko / Juha T Huiskonen / Mauri A Kostiainen /
要旨: Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have ...Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have advantages in the development of new vaccines and delivery systems. However, current tools to direct the assembly process in a programmable manner are exceedingly elusive. Here we introduce a modular approach by demonstrating DNA-origami-directed polymorphism of single-protein subunit capsids. We achieve control over the capsid shape, size and topology by employing user-defined DNA origami nanostructures as binding and assembly platforms, which are efficiently encapsulated within the capsid. Furthermore, the obtained viral capsid coatings can shield the encapsulated DNA origami from degradation. Our approach is, moreover, not limited to a single type of capsomers and can also be applied to RNA-DNA origami structures to pave way for next-generation cargo protection and targeting strategies.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0186
ポリマ－122,0186
非ポリマー00
水00
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
x 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,684,385132
ポリマ－2,684,385132
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation21

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要素

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 20336.252 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q548L8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7ISOLDE1.3モデルフィッティング
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 695465 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial model pdb:1cwp was first manually adjusted to density in ISOLDE and then refined in PHENIX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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