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- PDB-8bhx: High resolution structure of the iron Superoxide Dismutase from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bhx
タイトルHigh resolution structure of the iron Superoxide Dismutase from Thermobifida fusca
要素Superoxide dismutase
キーワードELECTRON TRANSPORT / iron Superoxide Dismutase / SOD / Thermobifida fusca / thermophilic bacteria / Reactive oxygen species (ROS).
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / : / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Sorlie, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Initial characterization of an iron superoxide dismutase from Thermobifida fusca.
著者: Hamre, A.G. / Al-Sadawi, R. / Johannesen, K.M. / Bisarro, B. / Kjendseth, A.R. / Leiros, H.S. / Sorlie, M.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6555
ポリマ－45,4812
非ポリマー1743
水13,565753
1
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,30910
ポリマ－90,9624
非ポリマー3476
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.610, 58.590, 67.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-590-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 22740.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_0957 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star (DE3) cells / 参照: UniProt: Q47RC2, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole and boric acid buffer at pH 8.0, from a PACT premier screen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→25 Å / Num. obs: 108003 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0331 / Net I/av σ(I): 10.05 / Net I/σ(I): 10.05
反射 シェル解像度: 1.25→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.3475 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 9675 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 89.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BSM

1bsm


解像度: 1.25→24.65 Å / SU ML: 0.1153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.4862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1445 2108 1.95 %
Rwork0.1254 105878 -
obs0.1258 107986 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3201 0 11 753 3965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00883530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13264828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9505480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.29081440.28066190X-RAY DIFFRACTION87.75
1.28-1.310.26691430.25476713X-RAY DIFFRACTION95.37
1.31-1.350.23011500.22356983X-RAY DIFFRACTION98.77
1.35-1.390.21741280.18427062X-RAY DIFFRACTION99.71
1.39-1.430.15121370.15947091X-RAY DIFFRACTION99.99
1.43-1.480.17231440.14697070X-RAY DIFFRACTION99.97
1.48-1.540.16321380.1347113X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.610.13241640.12047065X-RAY DIFFRACTION99.96
1.61-1.70.14761370.11687109X-RAY DIFFRACTION99.94
1.7-1.80.13861270.11057139X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.940.13531370.11237156X-RAY DIFFRACTION99.99
1.94-2.140.12321320.10467185X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.450.11331480.10127199X-RAY DIFFRACTION100
2.45-3.080.14131290.10827291X-RAY DIFFRACTION100
3.08-24.650.12721500.11587512X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.916759556618-0.000748010497526-0.07901645388690.4507601522270.02125026856650.4520212087890.0116514474065-0.2053679050010.02179564218050.057637962324-0.0192336766264-0.03090207299460.01075373638570.04247466829640.01427815488110.0766522274535-0.0103207891984-0.006179467713140.113412940588-0.003482176267080.056827299925511.1810404634.3107830473189.2900362601
20.5574270326840.1005611235750.006215070131770.4775134327750.00108528394770.339408948183-0.01884848116930.0389118914210.00936852024606-0.03502399121040.0240570608163-0.0210256150103-0.0216435992360.0161334152334-0.002781795868990.0709609233607-0.00892118597450.005528061293270.05404510561690.0007583173921810.06654307085689.666534262897.0585585732760.0974909107
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 204)AA2 - 2031 - 216
22(chain 'B' and resid 2 through 204)BC2 - 2041 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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