PDB-8bhu: Crystal Structure of SilF (Ag(I) form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bhu

タイトル

Crystal Structure of SilF (Ag(I) form

要素

SilF

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Silver / Copper / Metallochaperone / chaperone.

機能・相同性

Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF / Copper binding periplasmic protein CusF superfamily / metal ion binding / SILVER ION / SilF

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lithgo, R.M. / Carr, S.B. / Quigley, A.M. / Scott, D.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SilF (apo form)
著者: Lithgo, R.M. / Carr, S.B. / Quigley, A.M. / Scott, D.J.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bhu.cif.gz	184.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bhu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bhu_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bhu_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	8bhu_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8bhu_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bbzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: SilF

BBB: SilF

CCC: SilF

DDD: SilF

EEE: SilF

FFF: SilF

ヘテロ分子

78.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

EEE: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

FFF: SilF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.937, 81.594, 95.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SilF / CusF family cation efflux system protein 分子量: 12874.646 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482M8M0
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: (0.2 M LiSO4, 0.1 M Bis Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→62.113 Å / Num. obs: 53238 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5226 / CC_1/2: 0.328

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BBZ

8bbz

解像度: 1.7→62.113 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2301	2620	4.921 %
R_work	0.1991	50618	-
all	0.201	-	-
obs	-	53238	99.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.678 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→62.113 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3563	0	60	167	3790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.619	4956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.318	1.585	8224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.296	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.903	24.41	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.356	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.536	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.777	3.024	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.765	3.023	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.851	4.512	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.852	4.513	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.145	3.539	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.092	3.508	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.203	5.139	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.2	5.082	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.68	36.271	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.631	36.166	3739

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.267	202	0.279	3686	0.278	3888	0.843	0.841	100	0.259
1.744-1.792	0.244	213	0.258	3565	0.257	3778	0.872	0.866	100	0.233
1.792-1.844	0.265	176	0.236	3513	0.238	3689	0.885	0.899	100	0.21
1.844-1.9	0.239	163	0.209	3399	0.211	3562	0.917	0.919	100	0.184
1.9-1.963	0.289	152	0.26	3334	0.261	3500	0.851	0.869	99.6	0.227
1.963-2.031	0.215	154	0.204	3213	0.204	3369	0.935	0.933	99.9406	0.18
2.031-2.108	0.216	162	0.188	3066	0.189	3228	0.932	0.944	100	0.167
2.108-2.194	0.232	159	0.191	2980	0.193	3139	0.935	0.945	100	0.171
2.194-2.291	0.226	160	0.192	2847	0.193	3007	0.939	0.944	100	0.174
2.291-2.403	0.204	139	0.187	2744	0.188	2883	0.95	0.951	100	0.17
2.403-2.533	0.243	136	0.191	2611	0.193	2747	0.937	0.944	100	0.176
2.533-2.686	0.235	138	0.207	2473	0.208	2611	0.932	0.94	100	0.194
2.686-2.871	0.252	140	0.21	2303	0.212	2445	0.924	0.941	99.9182	0.205
2.871-3.101	0.236	109	0.209	2191	0.211	2300	0.931	0.933	100	0.207
3.101-3.396	0.271	105	0.208	2032	0.211	2137	0.909	0.936	100	0.212
3.396-3.795	0.235	95	0.188	1835	0.19	1930	0.935	0.95	100	0.2
3.795-4.38	0.203	79	0.176	1633	0.178	1712	0.954	0.962	100	0.196
4.38-5.357	0.158	58	0.161	1412	0.161	1470	0.965	0.973	100	0.19
5.357-7.548	0.265	47	0.217	1113	0.218	1160	0.948	0.957	100	0.253
7.548-62.113	0.204	33	0.199	668	0.199	703	0.964	0.963	99.7155	0.255

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)