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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bhh | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of a feruloyl esterase C from Fusarium oxysporum in complex with p-coumaric acid | |||||||||
![]() | Carboxylic ester hydrolase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ferulic acid esterase / coummaric acid / tannase-like / feruloyl esterase | |||||||||
機能・相同性 | Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carboxylic ester hydrolase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dimarogona, M. / Topakas, E. / Kosinas, C. / Ferousi, C. / Nikolaivits, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Fusarium oxysporum tannase-like feruloyl esterase FaeC in complex with p-coumaric acid provides insight into ligand binding. 著者: Ferousi, C. / Kosinas, C. / Nikolaivits, E. / Topakas, E. / Dimarogona, M. #1: ![]() タイトル: Structure-function studies of a novel laccase-like multicopper oxidase from Thermothelomyces thermophila provide insights into its biological role. 著者: Kosinas, C. / Zerva, A. / Topakas, E. / Dimarogona, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 249 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fatS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56143.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1D3S5H0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 |
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-糖 , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 7種, 908分子 ![](data/chem/img/HC4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 化合物 | ChemComp-P6G / | #10: 化合物 | ChemComp-PEG / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400, Tris HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→113.51 Å / Num. obs: 105053 / % possible obs: 69.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.835 Å / Num. unique obs: 5255 / CC1/2: 0.594 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FAT 解像度: 1.69→113.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.564 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.708 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.69→113.51 Å
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拘束条件 |
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