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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bh9 | ||||||
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タイトル | Structure of Est1 from Candida Tropicalis in complex with TLC1 telomerase RNA fragment 427-435 / 496-504 | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Telomerase TLC1 RNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() Est1/Ebs1-like / Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1 DNA/RNA binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Est1 from Candida Tropicalis in complex with TLC1 telomerase RNA fragment 427-435 / 496-504 著者: Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 200.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62701.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3820.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: TLC1 RNA fragment 427-435/ 496-504 with 436-495 deletion 由来: (合成) ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4K 20% PEG 200 5% Tris-HCl 0.1M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97888 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.086→109.126 Å / Num. obs: 37916 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.086→2.122 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.998 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→34.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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