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- PDB-8bh9: Structure of Est1 from Candida Tropicalis in complex with TLC1 te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bh9
タイトルStructure of Est1 from Candida Tropicalis in complex with TLC1 telomerase RNA fragment 427-435 / 496-504
要素
  • PCIF1_WW domain-containing protein
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*UP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Telomerase TLC1 RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding
類似検索 - 分子機能
Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tropicalis MYA-3404 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Est1 from Candida Tropicalis in complex with TLC1 telomerase RNA fragment 427-435 / 496-504
著者: Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.
履歴
登録2022年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCIF1_WW domain-containing protein
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7568
ポリマ－66,5222
非ポリマー2356
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.448, 79.462, 218.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 PCIF1_WW domain-containing protein


分子量: 62701.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tropicalis MYA-3404 (酵母) / 株: ATCC MYA-3404 / T1 / 遺伝子: CTRG_06152 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: C5MJA9
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*AP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*UP*C)-3')


分子量: 3820.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TLC1 RNA fragment 427-435/ 496-504 with 436-495 deletion
由来: (合成) Candida tropicalis MYA-3404 (酵母)
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4K 20% PEG 200 5% Tris-HCl 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.086→109.126 Å / Num. obs: 37916 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.086→2.122 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.998 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→34.87 Å / SU ML: 0.2252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7187
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1826 4.82 %
Rwork0.2057 36079 -
obs0.2072 37905 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→34.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 256 6 128 4733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75166439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7752715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.140.31771590.28072829X-RAY DIFFRACTION99.87
2.14-2.210.3121460.24322724X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.280.26581330.22822855X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.360.26791230.21732772X-RAY DIFFRACTION99.97
2.36-2.450.26971610.22792839X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.560.27641360.21932825X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-2.70.24361340.2142794X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.870.25081390.22442850X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.090.27171470.23272845X-RAY DIFFRACTION99.97
3.09-3.40.26181350.22042847X-RAY DIFFRACTION99.57
3.46-3.880.23031220.19112165X-RAY DIFFRACTION91.01
3.9-4.90.17241420.16282876X-RAY DIFFRACTION99.87
4.9-34.870.24071490.20792858X-RAY DIFFRACTION92.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0133111365761-0.0146687430444-0.01171943438770.01223429900170.01400982673680.006001368714160.1339469093520.2159776625010.081795182903-0.002444271553970.0520518939231-0.0943849406722-0.0701338763180.119297612867.20095673244E-51.570244494540.0818792430472-0.390881667751.91263795668-0.21506966021.70033989204-12.025685254316.8443260579-5.52585331653
20.00521080223807-0.003468365659080.003992412576550.00152973270266-0.0118290563810.0153557588670.3243348554320.0282352887305-0.129577409523-0.02223418650050.03227872343060.195782068003-0.02015658158370.0415123942685-2.63907520871E-51.268919195290.080106493923-0.08578855079531.37442888587-0.1194874988330.962181299206-10.563472083512.64360035461.20865218919
32.961395316050.5431106743260.6668961914913.217983055781.831274773054.87327559347-0.1027128060590.413649261455-0.422245471878-0.267079985775-0.0812302836059-0.1131364134910.604895563745-0.28204333683-0.01611228585710.382215025769-0.0617942027820.06077128064290.321695384791-0.01237036882720.340688118259-5.25277792131-30.788397237.2215498571
42.956445015180.231683329787-1.581146486853.510721921240.2424469544121.33342622431-0.1728883604680.1947053113710.178294409609-0.253063816155-0.1480315190910.438508781083-0.0993694320693-0.378387795020.2914697051870.223080942871-0.00104119421246-0.08475280481350.338294451332-0.002659473856750.367695230208-10.0024478449-15.349564005239.4482803255
51.80823055618-0.3371553090730.4772934477323.874308377350.9129314198333.300723351080.08971271769610.08748585728190.146842677834-0.336669984162-0.2108411338880.0928168147102-0.177004245649-0.1690463582960.1093803619990.1930787347210.027903774497-0.03300514342550.2898933842360.0005246182665050.26747398047-10.75059141786.2563368636425.4236783011
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 427 through 433 )BB427 - 433
22chain 'B' and (resid 500 through 504 )BB500 - 504
33chain 'A' and (resid 3 through 138 )AA3 - 1381 - 136
44chain 'A' and (resid 139 through 241 )AA139 - 241137 - 239
55chain 'A' and (resid 242 through 525 )AA242 - 525240 - 523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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