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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bgr | ||||||
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タイトル | FAD-independent Methylene-Tetrahydrofolate Reductase from Mycobacterium hassiacum | ||||||
要素 | Methylenetetrahydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FAD-independent / NADH-dependent / Methylene-Tetrahydrofolate Reductase | ||||||
機能・相同性 | Mycobacterial methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gehl, M. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of FAD-independent methylene-tetrahydrofolate reductase from Mycobacterium hassiacum. 著者: Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bgr.cif.gz | 135.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bgr.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bgr_validation.pdf.gz | 418 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bgr_full_validation.pdf.gz | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bgr_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bgr_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32837.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: C731_4202, MHAS_04356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDY6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26845 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.93 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3422 / CC1/2: 0.851 / Rrim(I) all: 1.3 / Rsym value: 1.11 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Alphafold Model 解像度: 1.8→37.31 Å / SU ML: 0.2736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.7791 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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