PDB-8bgo: N,N-diacetylchitobiose deacetylase from Pyrococcus chitonophagus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bgo

タイトル

N,N-diacetylchitobiose deacetylase from Pyrococcus chitonophagus with substrate N,N-diacetylchitobiose

要素

Diacetylchitobiose deacetylase

キーワード

HYDROLASE / hyperthermophile

機能・相同性

N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol deacetylase activity / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / GPI anchor biosynthetic process / metal ion binding / Diacetylchitobiose deacetylase

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus chitonophagus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Rypniewski, W. / Bejger, M. / Biniek-Antosiak, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural, Thermodynamic and Enzymatic Characterization of N , N -Diacetylchitobiose Deacetylase from Pyrococcus chitonophagus.
著者: Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M. / Sliwiak, J. / Baranowski, D. / Mohammed, A.S.A. / Svergun, D.I. / Rypniewski, W.

履歴

登録	2022年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bgo.cif.gz	652.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bgo.ent.gz	541.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bgo_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bgo_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8bgo_validation.xml.gz	107.9 KB	表示
CIF形式データ	8bgo_validation.cif.gz	144.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bgnSC 8bgpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diacetylchitobiose deacetylase

H: Diacetylchitobiose deacetylase

K: Diacetylchitobiose deacetylase

B: Diacetylchitobiose deacetylase

E: Diacetylchitobiose deacetylase

L: Diacetylchitobiose deacetylase

G: Diacetylchitobiose deacetylase

C: Diacetylchitobiose deacetylase

I: Diacetylchitobiose deacetylase

J: Diacetylchitobiose deacetylase

F: Diacetylchitobiose deacetylase

D: Diacetylchitobiose deacetylase

ヘテロ分子

383 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diacetylchitobiose deacetylase

B: Diacetylchitobiose deacetylase

E: Diacetylchitobiose deacetylase

C: Diacetylchitobiose deacetylase

F: Diacetylchitobiose deacetylase

D: Diacetylchitobiose deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
192 kDa, 6 ポリマー
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2

H: Diacetylchitobiose deacetylase

K: Diacetylchitobiose deacetylase

L: Diacetylchitobiose deacetylase

G: Diacetylchitobiose deacetylase

I: Diacetylchitobiose deacetylase

J: Diacetylchitobiose deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
192 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.164, 151.662, 167.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 267	5 - 271
2	1	MET	MET	ILE	ILE	H	B	1 - 267	5 - 271
1	2	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	2 - 266	6 - 270
2	2	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
1	3	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	3	MET	MET	LEU	LEU	B	D	1 - 266	5 - 270
1	4	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	2 - 266	6 - 270
2	4	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
1	5	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	5	MET	MET	LEU	LEU	L	F	1 - 266	5 - 270
1	6	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	6	MET	MET	LEU	LEU	G	G	1 - 266	5 - 270
1	7	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	7	MET	MET	LEU	LEU	C	H	1 - 266	5 - 270
1	8	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	8	MET	MET	LEU	LEU	I	I	1 - 266	5 - 270
1	9	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	2 - 266	6 - 270
2	9	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	10	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 266	5 - 270
2	10	MET	MET	LEU	LEU	F	K	1 - 266	5 - 270
1	11	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	2 - 266	6 - 270
2	11	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	12	PHE	PHE	LEU	LEU	H	B	2 - 266	6 - 270
2	12	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
1	13	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	13	MET	MET	LEU	LEU	B	D	1 - 266	5 - 270
1	14	PHE	PHE	LEU	LEU	H	B	2 - 266	6 - 270
2	14	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
1	15	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	15	MET	MET	LEU	LEU	L	F	1 - 266	5 - 270
1	16	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	16	MET	MET	LEU	LEU	G	G	1 - 266	5 - 270
1	17	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	17	MET	MET	LEU	LEU	C	H	1 - 266	5 - 270
1	18	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	18	MET	MET	LEU	LEU	I	I	1 - 266	5 - 270
1	19	PHE	PHE	LEU	LEU	H	B	2 - 266	6 - 270
2	19	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	20	MET	MET	LEU	LEU	H	B	1 - 266	5 - 270
2	20	MET	MET	LEU	LEU	F	K	1 - 266	5 - 270
1	21	PHE	PHE	LEU	LEU	H	B	2 - 266	6 - 270
2	21	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	22	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	22	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	2 - 266	6 - 270
1	23	PHE	PHE	ILE	ILE	K	C	2 - 267	6 - 271
2	23	PHE	PHE	ILE	ILE	E	E	2 - 267	6 - 271
1	24	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	24	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	2 - 266	6 - 270
1	25	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	25	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	2 - 266	6 - 270
1	26	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	26	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	2 - 266	6 - 270
1	27	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	27	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	2 - 266	6 - 270
1	28	PHE	PHE	ILE	ILE	K	C	2 - 267	6 - 271
2	28	PHE	PHE	ILE	ILE	J	J	2 - 267	6 - 271
1	29	PHE	PHE	LEU	LEU	K	C	2 - 266	6 - 270
2	29	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	2 - 266	6 - 270
1	30	PHE	PHE	ILE	ILE	K	C	2 - 267	6 - 271
2	30	PHE	PHE	ILE	ILE	D	L	2 - 267	6 - 271
1	31	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	2 - 266	6 - 270
2	31	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
1	32	PHE	PHE	ILE	ILE	B	D	-1 - 267	3 - 271
2	32	PHE	PHE	ILE	ILE	L	F	-1 - 267	3 - 271
1	33	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	-1 - 266	3 - 270
2	33	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	-1 - 266	3 - 270
1	34	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	-1 - 266	3 - 270
2	34	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	-1 - 266	3 - 270
1	35	PHE	PHE	ILE	ILE	B	D	-1 - 267	3 - 271
2	35	PHE	PHE	ILE	ILE	I	I	-1 - 267	3 - 271
1	36	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	2 - 266	6 - 270
2	36	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	37	PHE	PHE	ILE	ILE	B	D	-1 - 267	3 - 271
2	37	PHE	PHE	ILE	ILE	F	K	-1 - 267	3 - 271
1	38	PHE	PHE	LEU	LEU	B	D	2 - 266	6 - 270
2	38	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	39	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
2	39	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	2 - 266	6 - 270
1	40	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
2	40	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	2 - 266	6 - 270
1	41	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
2	41	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	2 - 266	6 - 270
1	42	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
2	42	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	2 - 266	6 - 270
1	43	PHE	PHE	ILE	ILE	E	E	2 - 267	6 - 271
2	43	PHE	PHE	ILE	ILE	J	J	2 - 267	6 - 271
1	44	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	2 - 266	6 - 270
2	44	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	2 - 266	6 - 270
1	45	PHE	PHE	ILE	ILE	E	E	2 - 267	6 - 271
2	45	PHE	PHE	ILE	ILE	D	L	2 - 267	6 - 271
1	46	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	-1 - 266	3 - 270
2	46	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	-1 - 266	3 - 270
1	47	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	-1 - 266	3 - 270
2	47	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	-1 - 266	3 - 270
1	48	PHE	PHE	ILE	ILE	L	F	-1 - 267	3 - 271
2	48	PHE	PHE	ILE	ILE	I	I	-1 - 267	3 - 271
1	49	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	2 - 266	6 - 270
2	49	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	50	PHE	PHE	ILE	ILE	L	F	-1 - 267	3 - 271
2	50	PHE	PHE	ILE	ILE	F	K	-1 - 267	3 - 271
1	51	PHE	PHE	LEU	LEU	L	F	2 - 266	6 - 270
2	51	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	52	ASP	ASP	ILE	ILE	G	G	-3 - 267	1 - 271
2	52	ASP	ASP	ILE	ILE	C	H	-3 - 267	1 - 271
1	53	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	-1 - 266	3 - 270
2	53	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	-1 - 266	3 - 270
1	54	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	2 - 266	6 - 270
2	54	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	55	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	-1 - 266	3 - 270
2	55	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	-1 - 266	3 - 270
1	56	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	2 - 266	6 - 270
2	56	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	57	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	-1 - 266	3 - 270
2	57	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	-1 - 266	3 - 270
1	58	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	2 - 266	6 - 270
2	58	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	59	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	-1 - 266	3 - 270
2	59	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	-1 - 266	3 - 270
1	60	PHE	PHE	LEU	LEU	C	H	2 - 266	6 - 270
2	60	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	61	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	2 - 266	6 - 270
2	61	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
1	62	PHE	PHE	ILE	ILE	I	I	-1 - 267	3 - 271
2	62	PHE	PHE	ILE	ILE	F	K	-1 - 267	3 - 271
1	63	PHE	PHE	LEU	LEU	I	I	2 - 266	6 - 270
2	63	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270
1	64	PHE	PHE	LEU	LEU	J	J	2 - 266	6 - 270
2	64	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	2 - 266	6 - 270
1	65	PHE	PHE	ILE	ILE	J	J	2 - 267	6 - 271
2	65	PHE	PHE	ILE	ILE	D	L	2 - 267	6 - 271
1	66	PHE	PHE	LEU	LEU	F	K	2 - 266	6 - 270
2	66	PHE	PHE	LEU	LEU	D	L	2 - 266	6 - 270

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Diacetylchitobiose deacetylase

分子量: 31432.088 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermococcus chitonophagus (古細菌)
遺伝子: A3L04_02905, CHITON_0574 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160VQZ8, EC: 3.5.1.136

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M ammonium chloride, 0.1M MES pH6.0, 20% v/v PEG 6000,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→48.38 Å / Num. obs: 72565 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 3.08→3.19 Å / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6943 / % possible all: 94.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	5.8.0253	データ削減
XSCALE	3.27	データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BGN

8bgn

解像度: 3.08→48.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 20.383 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2147	1000	1.4 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.1687	71565	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 230.85 Å² / B_iso mean: 93.303 Å² / B_iso min: 44.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.11 Å²	-0 Å²	-2.93 Å²
2-	-	3.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.08→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26314	0	360	62	26736
B_iso mean	-	-	138.49	63.33	-
残基数	-	-	-	-	3216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	27441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	25516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.653	37218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.199	1.594	59288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.681	5	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.967	22.151	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.468	15	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.245	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	30040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5872

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8826	0.08
1	2	H	8826	0.08
2	1	A	8667	0.08
2	2	K	8667	0.08
3	1	A	8703	0.08
3	2	B	8703	0.08
4	1	A	8655	0.07
4	2	E	8655	0.07
5	1	A	8651	0.08
5	2	L	8651	0.08
6	1	A	8635	0.09
6	2	G	8635	0.09
7	1	A	8646	0.08
7	2	C	8646	0.08
8	1	A	8677	0.08
8	2	I	8677	0.08
9	1	A	8715	0.08
9	2	J	8715	0.08
10	1	A	8738	0.08
10	2	F	8738	0.08
11	1	A	8621	0.08
11	2	D	8621	0.08
12	1	H	8718	0.07
12	2	K	8718	0.07
13	1	H	8711	0.08
13	2	B	8711	0.08
14	1	H	8692	0.07
14	2	E	8692	0.07
15	1	H	8703	0.08
15	2	L	8703	0.08
16	1	H	8709	0.08
16	2	G	8709	0.08
17	1	H	8722	0.07
17	2	C	8722	0.07
18	1	H	8735	0.08
18	2	I	8735	0.08
19	1	H	8731	0.08
19	2	J	8731	0.08
20	1	H	8721	0.07
20	2	F	8721	0.07
21	1	H	8728	0.07
21	2	D	8728	0.07
22	1	K	8699	0.07
22	2	B	8699	0.07
23	1	K	8731	0.07
23	2	E	8731	0.07
24	1	K	8695	0.08
24	2	L	8695	0.08
25	1	K	8678	0.08
25	2	G	8678	0.08
26	1	K	8717	0.07
26	2	C	8717	0.07
27	1	K	8655	0.08
27	2	I	8655	0.08
28	1	K	8791	0.06
28	2	J	8791	0.06
29	1	K	8626	0.08
29	2	F	8626	0.08
30	1	K	8717	0.07
30	2	D	8717	0.07
31	1	B	8689	0.07
31	2	E	8689	0.07
32	1	B	8769	0.08
32	2	L	8769	0.08
33	1	B	8734	0.08
33	2	G	8734	0.08
34	1	B	8743	0.08
34	2	C	8743	0.08
35	1	B	8780	0.09
35	2	I	8780	0.09
36	1	B	8744	0.07
36	2	J	8744	0.07
37	1	B	8765	0.08
37	2	F	8765	0.08
38	1	B	8661	0.08
38	2	D	8661	0.08
39	1	E	8604	0.08
39	2	L	8604	0.08
40	1	E	8679	0.08
40	2	G	8679	0.08
41	1	E	8678	0.07
41	2	C	8678	0.07
42	1	E	8671	0.08
42	2	I	8671	0.08
43	1	E	8737	0.07
43	2	J	8737	0.07
44	1	E	8614	0.08
44	2	F	8614	0.08
45	1	E	8701	0.07
45	2	D	8701	0.07
46	1	L	8715	0.09
46	2	G	8715	0.09
47	1	L	8689	0.09
47	2	C	8689	0.09
48	1	L	8737	0.09
48	2	I	8737	0.09
49	1	L	8681	0.08
49	2	J	8681	0.08
50	1	L	8773	0.08
50	2	F	8773	0.08
51	1	L	8618	0.09
51	2	D	8618	0.09
52	1	G	8851	0.09
52	2	C	8851	0.09
53	1	G	8699	0.1
53	2	I	8699	0.1
54	1	G	8677	0.08
54	2	J	8677	0.08
55	1	G	8708	0.09
55	2	F	8708	0.09
56	1	G	8717	0.08
56	2	D	8717	0.08
57	1	C	8708	0.09
57	2	I	8708	0.09
58	1	C	8698	0.08
58	2	J	8698	0.08
59	1	C	8713	0.08
59	2	F	8713	0.08
60	1	C	8709	0.07
60	2	D	8709	0.07
61	1	I	8682	0.08
61	2	J	8682	0.08
62	1	I	8720	0.1
62	2	F	8720	0.1
63	1	I	8644	0.09
63	2	D	8644	0.09
64	1	J	8698	0.08
64	2	F	8698	0.08
65	1	J	8727	0.08
65	2	D	8727	0.08
66	1	F	8636	0.08
66	2	D	8636	0.08

LS精密化シェル

解像度: 3.08→3.157 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	69	-
R_work	0.336	4976	-
obs	-	-	92.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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