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万見
- PDB-8bgn: N,N-diacetylchitobiose deacetylase from Pyrococcus chitonophagus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bgn
タイトルN,N-diacetylchitobiose deacetylase from Pyrococcus chitonophagus
要素Diacetylchitobiose deacetylase
キーワードHYDROLASE / hyperthermophile
機能・相同性N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol deacetylase activity / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / GPI anchor biosynthetic process / metal ion binding / Diacetylchitobiose deacetylase
機能・相同性情報
生物種Thermococcus chitonophagus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Rypniewski, W. / Bejger, M. / Biniek-Antosiak, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2017/27/B/NZ1/02201 ポーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural, Thermodynamic and Enzymatic Characterization of N , N -Diacetylchitobiose Deacetylase from Pyrococcus chitonophagus.
著者: Biniek-Antosiak, K. / Bejger, M. / Sliwiak, J. / Baranowski, D. / Mohammed, A.S.A. / Svergun, D.I. / Rypniewski, W.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacetylchitobiose deacetylase
B: Diacetylchitobiose deacetylase
C: Diacetylchitobiose deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,43012
ポリマ－92,9153
非ポリマー5159
水1,62190
1
A: Diacetylchitobiose deacetylase
B: Diacetylchitobiose deacetylase
C: Diacetylchitobiose deacetylase
ヘテロ分子

A: Diacetylchitobiose deacetylase
B: Diacetylchitobiose deacetylase
C: Diacetylchitobiose deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,86024
ポリマ－185,8306
非ポリマー1,03118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area32660 Å2
ΔGint-409 kcal/mol
Surface area53140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.613, 150.613, 72.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-432-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 267 / Label seq-ID: 2 - 267

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Diacetylchitobiose deacetylase


分子量: 30971.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus chitonophagus (古細菌)
遺伝子: A3L04_02905, CHITON_0574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160VQZ8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES, pH7.5, 2% v/v PEG 400, 2.0M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→49.3 Å / Num. obs: 24234 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.76→2.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2190

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS5.8.0253データ削減
XSCALE3.27データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XM0

4xm0


解像度: 2.76→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.411 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 1001 4.1 %RANDOM
Rwork0.1763 ---
obs0.1784 23220 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 156.84 Å2 / Biso mean: 72.754 Å2 / Biso min: 38.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å2-1.03 Å20 Å2
2---2.05 Å2-0 Å2
3---6.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 21 90 6639
Biso mean--88.29 62.25 -
残基数----798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.6539101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2211.57914591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0435795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.83522.149363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.553151164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0361542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021449
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A87840.07
12B87840.07
21A86910.08
22C86910.08
31B87020.08
32C87020.08
LS精密化 シェル解像度: 2.763→2.835 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 65 -
Rwork0.36 1492 -
all-1557 -
obs--86.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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