PDB-8bgj: Crystal structure of Reverse Transcriptase domain from Caloramato...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bgj

タイトル

Crystal structure of Reverse Transcriptase domain from Caloramator australicus CART-CAPP

要素

RNA-directed DNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / Reverse transcriptase / CRISPR associated reverse transcriptase / CART

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Caloramator australicus RC3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Li, A.W.H. / Doherty, A.J.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S008691/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/W015226/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/P007031/1	英国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Reverse transcriptases prime DNA synthesis.
著者: Zabrady, M. / Zabrady, K. / Li, A.W.H. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2022年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bgj.cif.gz	329.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bgj.ent.gz	222.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bgj_validation.pdf.gz	484 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bgj_full_validation.pdf.gz	499.9 KB	表示
XML形式データ	8bgj_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	8bgj_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/8bgj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8baoC 6ar1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-directed DNA polymerase

B: RNA-directed DNA polymerase

C: RNA-directed DNA polymerase

ヘテロ分子

81.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-directed DNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA-directed DNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RNA-directed DNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.920, 96.920, 65.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	RNA-directed DNA polymerase 分子量: 26569.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caloramator australicus RC3 (バクテリア) 遺伝子: CAAU_1036 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7LG99, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium tartrate dibasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→83.94 Å / Num. obs: 85450 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.71 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 1.184 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4204 / CC_1/2: 0.318 / R_pim(I) all: 0.798 / R_rim(I) all: 1.432 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ar1

6ar1

解像度: 1.63→48.46 Å / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.3426
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	4182	4.9 %
R_work	0.183	81105	-
obs	0.1846	85287	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→48.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4954	0	112	331	5397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	5277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9495	7070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0633	760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	891
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6752	738

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.65	0.4107	138	0.4111	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.54
1.65-1.67	0.4214	155	0.4108	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.12
1.67-1.69	0.376	150	0.3952	2654	X-RAY DIFFRACTION	97.87
1.69-1.71	0.3856	152	0.3763	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.56
1.71-1.73	0.3632	146	0.3433	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.73-1.76	0.3359	105	0.32	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.76-1.78	0.3134	174	0.3096	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.78-1.81	0.3236	147	0.2726	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.81-1.84	0.2642	134	0.2588	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.84-1.87	0.272	187	0.229	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.87-1.9	0.2268	156	0.2174	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.9-1.93	0.2606	138	0.2193	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.93-1.97	0.2476	150	0.2135	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.97-2.01	0.2355	165	0.2073	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.01-2.05	0.2631	124	0.2086	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.05-2.1	0.2303	154	0.2181	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.1-2.15	0.1884	134	0.1666	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.15-2.21	0.1912	179	0.1631	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.21-2.28	0.1822	136	0.1614	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.28-2.35	0.2184	124	0.173	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.35-2.43	0.2251	144	0.1727	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.43-2.53	0.218	122	0.1736	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.53-2.65	0.2159	148	0.1748	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.65-2.79	0.2147	100	0.1863	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.79-2.96	0.1929	115	0.1757	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2072	110	0.1658	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.19-3.51	0.1994	132	0.1644	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.51-4.02	0.1759	140	0.143	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.1668	119	0.1381	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.51
5.06-48.46	0.2354	104	0.1725	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.56285786808	1.85217167445	-0.712310044177	5.43586666246	1.08319897497	2.94874897881	-0.595860822854	-1.72413030496	-0.152369633681	1.33388030171	0.192759299034	0.316550672334	1.85706933118	-1.29486022779	0.271710529929	1.28342780795	-0.157765733895	0.158469717535	1.00271022196	0.10309246564	1.03497877614	-2.35967888284	35.8098177612	8.78834797146
2	1.3373025454	1.27839978941	-0.044546012204	5.36549010746	-1.48807965454	2.45732847417	-0.160018975283	0.127550065401	0.223061373309	-0.307084568579	0.18381089233	0.194754251316	-0.316738121468	-0.142491721722	-0.0437868053054	0.247996271092	0.0268961605907	-0.0147604940091	0.222879436924	-0.00759996384198	0.174136761674	-0.0248053800237	17.8768615007	-3.54255240776
3	0.721234515902	0.224801897572	-0.153079890115	6.05321378568	-1.7426624721	0.808190848928	-0.0281610377769	0.0331673476483	0.14575435807	0.120525898408	-0.0210499562443	-0.439936474543	-0.127196908761	0.0660036924688	0.0535705591836	0.197821355555	0.00760993373483	-0.0211817570344	0.180660647276	-0.0211405001297	0.226096363664	10.0618971772	19.6182910878	2.18324057131
4	3.05236894734	2.08786901515	-0.617129084727	4.53969611365	-2.59917340278	2.21355184542	-0.0257247379639	-0.202072345456	0.0378243847173	0.530339633866	-0.0997943603939	-0.302249622197	-0.413527120577	0.0370447885714	0.108045304385	0.31611270384	0.0416359849332	-0.0402339082214	0.219578497934	-0.0283452413302	0.199322572602	5.40666175903	8.706760363	13.7169417095
5	5.26586445933	0.617295750264	-0.876719888356	6.61196261271	-2.43128586067	3.99422853563	-0.0939838025807	-0.304590997272	-0.872383641901	0.238008299112	-0.0618010005906	-0.443320003323	0.301729490348	0.522942581011	0.104397789528	0.307113328964	-0.0136620548979	-0.0340648815602	0.414771397059	-0.0740783217594	0.404843015957	22.6180558289	6.77100057027	-28.0863826968
6	2.51268230988	0.794826001025	0.498267451117	1.02309609511	0.289392400174	0.778519133567	-0.00155821566882	-0.0088680721701	0.0310266539334	0.020544052012	-0.0429282557276	0.166020348114	0.038965301957	-0.130002177442	0.0639745115732	0.189515296996	-0.00665959239133	0.0145766345271	0.185700669376	-0.0185377133201	0.178154591246	30.1039250584	22.3405703452	-23.1835076195
7	6.32782669933	0.453398737833	2.3713895313	2.01579533211	1.22298750031	2.91352713593	0.13362429455	-0.363822046165	0.235383159243	0.189741227135	-0.21816847718	0.156263853022	0.19972846366	-0.358327206993	0.11017090393	0.258474994186	-0.0447717641851	0.0442778096777	0.257630503324	-0.0225958735726	0.190294080113	38.0983140246	26.509556859	-11.132764164
8	3.89837702272	-0.11788819565	-1.61826368717	6.0429542607	4.20073160494	3.51223255023	-0.184596997725	0.581582172057	0.558675879182	-1.18119539993	0.747441295988	0.783348037772	-0.0527962988082	-1.75023087116	-0.628309277512	1.08353514832	-0.176216210347	-0.170110136276	1.48537631028	0.291769207634	1.59032933371	29.0729014417	36.1703855936	0.59830114477
9	4.20896249045	0.317318520502	-0.589726437379	2.05227234761	-0.0933759590098	3.1807676846	-0.0430239291919	-0.635116788376	-0.315255945759	0.157493630629	-0.0278080559851	-0.313095085872	0.412410306725	0.559544495299	-0.0912794114573	0.25816763928	0.0774055275998	0.0164654509373	0.280022238727	0.047355542971	0.180483448081	14.6660820663	47.7995662472	14.2887779988
10	4.47314049367	-1.66302196195	-0.677840754539	1.82853251574	0.382356151267	0.914598302646	-0.145974402113	-0.46334339663	0.234234914055	0.117645774378	0.234484789516	-0.315017752565	0.0764880898985	0.372949946534	-0.0544602149762	0.206333121637	0.0383087081867	0.00687551258851	0.306293624124	-0.0300546948798	0.215691617943	22.233921985	54.3145903722	8.08129420887
11	4.77625175704	-0.36137036784	2.34010753818	1.61078512586	-0.712279540543	2.3927979346	0.0712328436517	0.53368563865	0.242654018037	-0.294483140461	-0.118593791342	-0.188631676627	0.160271621464	0.356859673742	-0.0122674256121	0.220554230945	0.0404945274537	0.054747753642	0.282421397188	0.0186250264943	0.214403594955	10.0375683486	56.1871852514	-2.9712091625

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	A	1 - 20	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 21 through 65 )	A	A	21 - 65	21 - 65
3	3	chain 'A' and (resid 66 through 164 )	A	A	66 - 164	66 - 164
4	4	chain 'A' and (resid 165 through 203 )	A	A	165 - 203	165 - 203
5	5	chain 'B' and (resid 12 through 36 )	B	G	12 - 36	1 - 25
6	6	chain 'B' and (resid 37 through 164 )	B	G	37 - 164	26 - 153
7	7	chain 'B' and (resid 165 through 203 )	B	G	165 - 203	154 - 192
8	8	chain 'C' and (resid 1 through 23 )	C	M	1 - 23	1 - 23
9	9	chain 'C' and (resid 24 through 65 )	C	M	24 - 65	24 - 65
10	10	chain 'C' and (resid 66 through 164 )	C	M	66 - 164	66 - 164
11	11	chain 'C' and (resid 165 through 203 )	C	M	165 - 203	165 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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