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- PDB-8bfr: The E. coli TrpD2 protein YbiB at 1.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bfr
タイトルThe E. coli TrpD2 protein YbiB at 1.3 A resolution
要素Protein YbiB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TrpD2 / YbiB / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase activity / L-tryptophan biosynthetic process / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YbiB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Deckers, B. / Galicia, C. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)11D4621N ベルギー
Vrije Universiteit Brussel (Blegium)SRP50 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0I1522N ベルギー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: YbiB: a novel interactor of the GTPase ObgE.
著者: Deckers, B. / Vercauteren, S. / De Kock, V. / Martin, C. / Lazar, T. / Herpels, P. / Dewachter, L. / Verstraeten, N. / Peeters, E. / Ballet, S. / Michiels, J. / Galicia, C. / Versees, W.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein YbiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7373
ポリマ－37,5531
非ポリマー1842
水7,404411
1
A: Protein YbiB
ヘテロ分子

A: Protein YbiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4756
ポリマ－75,1062
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)134.154, 64.004, 47.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein YbiB / TrpD2 / Anthranilate phosphoribosyltransferase 2


分子量: 37553.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybiB, b0800, JW0785, trpD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30177
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.2, 15 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→66.55 Å / Num. obs: 80496 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 12.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.397 Å / Num. unique obs: 4026 / CC1/2: 0.624

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MUO

4muo


解像度: 1.3→66.55 Å / SU ML: 0.0932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5406
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1667 3975 4.94 %
Rwork0.135 76516 -
obs0.1366 80491 82.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→66.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 12 411 2849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00932539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08683459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0788390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8991367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.320.3811170.309234X-RAY DIFFRACTION7.28
1.32-1.330.2966240.2677360X-RAY DIFFRACTION11.02
1.33-1.350.3251240.2468467X-RAY DIFFRACTION14.17
1.35-1.370.3389450.27760X-RAY DIFFRACTION23.11
1.37-1.390.3174560.25041237X-RAY DIFFRACTION37.62
1.39-1.410.272930.23561763X-RAY DIFFRACTION53.26
1.41-1.430.28471320.2212333X-RAY DIFFRACTION70.25
1.43-1.450.24381470.212867X-RAY DIFFRACTION86.88
1.45-1.480.2431560.19473224X-RAY DIFFRACTION96.93
1.48-1.510.20411690.18143276X-RAY DIFFRACTION99.45
1.51-1.540.20981680.16373340X-RAY DIFFRACTION99.94
1.54-1.570.20561720.15263299X-RAY DIFFRACTION99.91
1.57-1.60.18941830.14463318X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.640.16371550.14213338X-RAY DIFFRACTION99.94
1.64-1.680.17231680.13793307X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.720.15831700.13173310X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.770.17221780.13143358X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.830.17971620.13563284X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.90.18811790.12413353X-RAY DIFFRACTION99.97
1.9-1.970.1511740.1173295X-RAY DIFFRACTION99.97
1.97-2.060.15241850.11313331X-RAY DIFFRACTION99.97
2.06-2.170.14151720.12093309X-RAY DIFFRACTION99.97
2.17-2.310.15262060.11423306X-RAY DIFFRACTION99.94
2.31-2.490.13491460.11953378X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.740.14371570.12083350X-RAY DIFFRACTION99.97
2.74-3.130.13751690.12433332X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.950.14361740.11993384X-RAY DIFFRACTION99.97
3.95-66.550.18141940.14823403X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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