[日本語] English
万見
- PDB-8bf9: Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bf9
タイトルMolecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon.
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 4
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (Translocon-associated protein subunit ...) x 4
  • 60S ribosomal protein L39
  • Protein transport protein Sec61 subunit gamma
  • RL22 protein (Fragment)
  • RL26 protein (Fragment)
  • RNA (156-MER)
  • RNA (1766)
  • Sec61a
  • Sec61b
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / protein translocation / protein biogenesis.
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / large ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / synapse / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Protein secE/sec61-gamma signature. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex ...Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Protein secE/sec61-gamma signature. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL29 / Uncharacterized protein / RL26 protein / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Translocon-associated protein subunit gamma ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL29 / Uncharacterized protein / RL26 protein / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Translocon-associated protein subunit gamma / Ribosomal protein L37 / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit delta / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Karki, S. / Javanainen, M. / Tranter, D. / Rehan, S. / Huiskonen, J. / Happonen, L. / Paavilainen, V.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland338836 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon.
著者: Sudeep Karki / Matti Javanainen / Shahid Rehan / Dale Tranter / Juho Kellosalo / Juha T Huiskonen / Lotta Happonen / Ville Paavilainen /
要旨: Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates ...Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates polypeptide translocation and coordinates cotranslational polypeptide-processing events. In cells, the majority of Sec61 is stably associated with a heterotetrameric membrane protein complex, the translocon-associated protein complex (TRAP), yet the mechanism by which TRAP assists in polypeptide translocation remains unknown. Here, we present the structure of the core Sec61/TRAP complex bound to a mammalian ribosome by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Ribosome interactions anchor the Sec61/TRAP complex in a conformation that renders the ER membrane locally thinner by significantly curving its lumenal leaflet. We propose that TRAP stabilizes the ribosome exit tunnel to assist nascent polypeptide insertion through Sec61 and provides a ratcheting mechanism into the ER lumen mediated by direct polypeptide interactions.
履歴
登録2022年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: RNA (1766)
8: RNA (156-MER)
A: Translocon-associated protein subunit alpha
B: Translocon-associated protein subunit beta
D: Translocon-associated protein subunit delta
G: Translocon-associated protein subunit gamma
P: Large ribosomal subunit protein uL22
R: Ribosomal protein L19
U: RL22 protein (Fragment)
X: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein
Y: RL26 protein (Fragment)
C: Sec61a
b: Sec61b
d: Large ribosomal subunit protein eL31
g: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
h: Large ribosomal subunit protein uL29
j: Ribosomal protein L37
k: Large ribosomal subunit protein eL38
l: 60S ribosomal protein L39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,548,68719
ポリマ－1,548,68719
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, PMID: 18611385
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 58

#1: RNA鎖 RNA (1766)


分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#2: RNA鎖 RNA (156-MER)


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

-
Translocon-associated protein subunit ... , 4種, 4分子 ABDG

#3: タンパク質 Translocon-associated protein subunit alpha


分子量: 39381.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#4: タンパク質 Translocon-associated protein subunit beta


分子量: 20478.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P572
#5: タンパク質 Translocon-associated protein subunit delta


分子量: 18901.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P940
#6: タンパク質 Translocon-associated protein subunit gamma


分子量: 21100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NYA9

-
Large ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 Pdhk

#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 21414.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q9T9
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PUU0
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14591.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3TAC5
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 RXj

#8: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PLN0
#10: タンパク質 Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3CX48
#17: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P472

-
タンパク質 , 5種, 5分子 UYCgl

#9: タンパク質 RL22 protein (Fragment)


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P7EJM7
#11: タンパク質 RL26 protein (Fragment)


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A7K9BN74
#12: タンパク質 Sec61a


分子量: 52034.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#15: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 9352.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A836CVU8
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 b

#13: タンパク質・ペプチド Sec61b


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex / タイプ: RIBOSOME / 詳細: Mammlian ribosome-Sec61 TRAP complex / Entity ID: #3-#6, #1-#2, #7-#11, #13-#19 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHepesHepes1
2300 mMPotassium acetateKoAc1
310 mMMagnesium acetateMgAc1
41 mMDithiothritolDDT1
50.003 percentLauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified Ribosome Sec61/TRAP complex
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 30294

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1098031
3次元再構成解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61177 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る