PDB-8bf6: X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bf6

タイトル

X-ray structure of the CeuE Homologue from Parageobacillus thermoglucosidasius - azotochelin complex

要素

ABC transporter

キーワード

METAL TRANSPORT / Periplasmic / Siderophore binding / Bacterial / apo protein

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.969 Å

データ登録者

Wilson, K.S. / Duhme-Klair, A.-K. / Blagova, E.V. / Miller, A. / Booth, R. / Dodson, E.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Thermostable homologues of the periplasmic siderophore-binding protein CeuE from Geobacillus stearothermophilus and Parageobacillus thermoglucosidasius.
著者: Blagova, E.V. / Miller, A.H. / Bennett, M. / Booth, R.L. / Dodson, E.J. / Duhme-Klair, A.K. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2022年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bf6.cif.gz	296.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bf6.ent.gz	186.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bf6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bf6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8bf6_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	8bf6_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7xC 8bawC 8baxC 8bj9C 8bnwC 8pbxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.295, 116.711, 141.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- NI

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 32718.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 遺伝子: BAA00_15370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y3Q1V3

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-95B / Azotochelin / アゾトケリン分子量: 418.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 25% PEG 1500; 0.1 M PCMB pH 4.0 (Na propionate: Na cacodylate: BisTris propane 2:1:2). LIgand: 5mM Fe(III) Azotochelin (Washed) 1:10 ratio protein:ligand.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.979499 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979499 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.969→70.836 Å / Num. obs: 21889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.02-70.74	11.3	0.022	3090	1	0.009	0.024
1.97-2.02	13.3	2.703	20239	0.408	1.1	2.922

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8PBX

8pbx

解像度: 1.969→70.836 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 13.281 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	1084	4.96 %
R_work	0.2048	20769	-
all	0.207	-	-
obs	-	21853	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.941 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.871 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.841 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.969→70.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2167	0	41	29	2237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.016	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.649	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.55	1.567	4991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.095	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.528	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.939	10	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.504	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.429	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.332	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.063	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.538	4.111	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.538	4.11	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.315	6.156	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.314	6.155	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.511	4.464	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.506	4.464	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.976	6.543	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.979	6.54	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.146	51.323	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.14	51.275	2511

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.969-2.02	0.386	83	0.353	1511	0.355	1601	0.862	0.876	99.5628	0.355
2.02-2.075	0.366	70	0.317	1458	0.32	1528	0.892	0.919	100	0.317
2.075-2.135	0.289	66	0.29	1454	0.29	1520	0.945	0.938	100	0.285
2.135-2.201	0.294	69	0.263	1377	0.265	1446	0.948	0.952	100	0.255
2.201-2.273	0.302	83	0.246	1359	0.249	1442	0.932	0.96	100	0.233
2.273-2.353	0.303	70	0.228	1309	0.231	1379	0.951	0.969	100	0.209
2.353-2.442	0.249	64	0.211	1269	0.213	1333	0.957	0.975	100	0.191
2.442-2.541	0.295	64	0.213	1208	0.217	1273	0.945	0.974	99.9214	0.191
2.541-2.654	0.227	51	0.224	1187	0.224	1238	0.968	0.97	100	0.201
2.654-2.783	0.296	67	0.22	1129	0.225	1196	0.945	0.971	100	0.2
2.783-2.934	0.29	64	0.227	1036	0.231	1100	0.952	0.968	100	0.204
2.934-3.111	0.302	53	0.243	1019	0.246	1072	0.95	0.963	100	0.226
3.111-3.326	0.259	40	0.237	979	0.238	1019	0.965	0.963	100	0.225
3.326-3.592	0.3	44	0.242	905	0.245	949	0.942	0.967	100	0.233
3.592-3.933	0.246	50	0.224	808	0.225	858	0.975	0.974	100	0.216
3.933-4.396	0.158	45	0.164	753	0.164	798	0.985	0.985	100	0.161
4.396-5.073	0.27	38	0.143	683	0.15	721	0.974	0.988	100	0.141
5.073-6.205	0.294	28	0.171	577	0.177	605	0.969	0.983	100	0.168
6.205-8.741	0.188	27	0.159	458	0.16	485	0.981	0.985	100	0.155
8.741-70.836	0.146	8	0.166	290	0.166	298	0.982	0.975	100	0.171

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.6728 Å / Origin y: -8.0535 Å / Origin z: 17.6784 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.044 Å²	0.0312 Å²	-0.0026 Å²	-	0.087 Å²	-0.0571 Å²	-	-	0.0665 Å²
L	1.5474 °²	0.0056 °²	-0.2171 °²	-	3.5639 °²	1.0343 °²	-	-	2.1693 °²
S	-0.0182 Å °	0.2833 Å °	-0.3026 Å °	-0.1941 Å °	-0.0142 Å °	0.1219 Å °	0.1347 Å °	0.1769 Å °	0.0324 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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