PDB-8bf0: Structure of a Fab portion from TKH2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bf0

タイトル

Structure of a Fab portion from TKH2

要素

Anti-dectin-1 15E2 light chain
Anti-lox-1 15C4 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody

機能・相同性

CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Diskin, R. / Borenstein-Katz, A.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a Fab portion from TKH2
著者: Diskin, R. / Borenstein-Katz, A.

履歴

登録	2022年10月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bf0.cif.gz	301 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bf0.ent.gz	203.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xtgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Anti-dectin-1 15E2 light chain

H: Anti-lox-1 15C4 heavy chain

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.259, 65.111, 56.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	Anti-dectin-1 15E2 light chain 分子量: 23181.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Anti-lox-1 15C4 heavy chain 分子量: 22822.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Citric Acid pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→44.27 Å / Num. obs: 39241 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.24 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3924 / CC_1/2: 0.7 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6XTG

6xtg

解像度: 1.75→44.27 Å / SU ML: 0.1893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.539
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	2006	5.11 %
R_work	0.1676	37223	-
obs	0.1694	39229	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3196	0	38	261	3495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3331
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8814	4542
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9199	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.3202	148	0.2842	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.84	0.2485	141	0.2447	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.84-1.9	0.2863	140	0.2383	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.9-1.96	0.3117	144	0.2146	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.96-2.03	0.1987	144	0.1894	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.03-2.11	0.2415	139	0.1781	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.11-2.2	0.2256	149	0.1703	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.32	0.23	146	0.1773	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.32-2.47	0.1952	143	0.1767	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.47-2.66	0.2076	139	0.1738	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.92	0.2163	146	0.1722	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.92-3.35	0.186	140	0.1692	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.35-4.22	0.1782	143	0.1414	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.22-44.27	0.1737	144	0.1476	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.24

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.57724520037	-0.404648276101	-0.0431374491721	0.783382582757	0.0738995881221	1.36818928216	0.120074906866	0.734636648303	-0.0742446998571	-0.177694232711	-0.0697913676063	-0.0130052683513	0.0325008373106	-0.0938850116353	-0.0262920411484	0.273221394334	0.0101555456645	0.00191488506089	0.479298720713	-0.00801156013393	0.215381494309	-5.36531372692	6.3325382769	-39.7596622175
2	1.21863520474	-0.0235484371058	0.58702707842	0.409361161521	-0.143204552323	1.48686784173	0.0840387519797	0.0021759940447	-0.10788590054	-0.00876284021292	0.0243961218347	-0.00891770697868	-0.0379181043817	-0.0130276854193	-0.0313090343288	0.217546610649	-0.00799478974157	0.0193800356441	0.149361528835	0.0107101382919	0.221743569566	2.94235083048	5.55596282046	-13.220388597
3	2.34264454114	-0.0820087210133	-0.566375967318	0.402066315485	0.242968736843	3.6795754068	-0.027801093448	-0.207296422615	-0.129586892661	0.0518023544159	-0.0382420613997	-0.098138116683	-0.125908081612	0.187009458884	0.00306396447084	0.220304607313	-0.0287684245164	0.00785882385413	0.128142116982	0.0140727394719	0.25102137779	9.80295320201	6.53470650879	-4.37303791031
4	1.36214682646	-0.830484329438	0.724096498104	1.67348441449	-1.13534342436	3.7077991906	0.0936701306963	-0.0690666309501	0.571597060777	0.388501900571	-0.130644825905	0.178544920075	-0.586266631677	-0.445763363571	-0.119334385325	0.340355136033	0.0140674012691	-0.0179775111668	0.400721088367	-0.0573309030051	0.472845451813	-23.1195905139	16.4505190879	-20.0124383505
5	1.90702748981	0.631847143041	0.956094564227	2.60404993869	0.922562401477	0.812390317949	-0.101575283154	0.4951560087	0.769324359471	-0.275713726654	-0.385173740648	0.03502029512	-0.616302177338	-0.0889917018653	-0.0512317872432	0.389545222286	0.10262332136	-0.0403939632669	0.478833153354	0.191822688214	0.552848920678	-26.3802140058	21.0182400515	-31.5852011844
6	3.4332845486	-0.311780979084	0.283614650537	0.48136152122	0.414339541655	2.86561791363	0.160377293949	0.482586466174	-0.0590911877401	-0.13571898333	-0.0633830156053	0.174842849091	0.0782650371049	-0.391943523977	-0.0645782964082	0.267491793638	0.0190989292119	-0.0287958132246	0.414019236006	0.0272587204868	0.293744083806	-27.2789359568	10.5820441863	-29.31524535
7	3.80094928603	-0.520758568816	0.26836584246	2.0148758698	0.028687107158	3.67115443606	0.211468933866	0.582791394887	-0.158343797215	-0.067905001761	-0.119156004111	0.0272149428579	-0.245590461175	-0.0496708067759	-0.0102194549268	0.212742793579	0.0115281460767	-0.00069644075972	0.31249156893	0.000627061594657	0.275553092509	-20.0260935408	9.87790570954	-25.9332258121
8	2.18793542381	0.254348450004	1.02619220096	0.882285954543	0.264966244726	2.00966170728	0.0517809074448	-0.0686313393793	0.255458835541	0.0394049345705	-0.0570486287906	0.0485714405568	0.0574635871667	-0.108203967645	0.0168155162682	0.22862560981	0.0150620818562	0.00928530315046	0.18791359541	0.0177566743632	0.234440032272	-9.35213460707	15.3561441199	-11.7489970586
9	2.91845662325	0.117799138856	0.638299160169	0.659054176683	0.254827877775	1.19081206716	-0.0722974858266	-0.0131658929614	0.0712642500201	-0.0529358045292	-0.0281774944603	-0.0330582411877	-0.135703636781	-9.73800541023E-5	0.030394291869	0.250531232638	0.0086695243571	0.000414349804123	0.147531933654	-0.00364301461651	0.227625485317	-1.01332209319	16.1647130574	-9.7738553518
10	5.69226021642	2.17606928786	0.0736945901649	2.13030750298	-0.148573891993	1.357759723	0.0840772784993	-0.555382226879	0.609847993288	0.192479650593	-0.189724122955	0.125328824991	-0.183987727506	0.0885616224252	0.0585203785346	0.278790882466	0.0271125398973	-0.0144398973266	0.186067773928	-0.0589561697099	0.285959113704	-1.47403762711	24.8095033927	-5.59462511947

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 1 through 88 )	L	A	1 - 88	1 - 88
2	2	chain 'L' and (resid 89 through 162 )	L	A	89 - 162	89 - 162
3	3	chain 'L' and (resid 163 through 213 )	L	A	163 - 213	163 - 213
4	4	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	D	1 - 17	1 - 17
5	5	chain 'H' and (resid 18 through 33 )	H	D	18 - 33	18 - 33
6	6	chain 'H' and (resid 34 through 82 )	H	D	34 - 82	34 - 82
7	7	chain 'H' and (resid 83 through 97 )	H	D	83 - 97	86 - 100
8	8	chain 'H' and (resid 98 through 131 )	H	D	98 - 131	101 - 130
9	9	chain 'H' and (resid 132 through 185 )	H	D	132 - 185	131 - 184
10	10	chain 'H' and (resid 186 through 212 )	H	D	186 - 212	185 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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