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- PDB-8beo: Crystal structure of E. coli glyoxylate carboligase mutant I393A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8beo
タイトルCrystal structure of E. coli glyoxylate carboligase mutant I393A with MAP
要素Glyoxylate carboligase
キーワードLYASE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Glyoxylate carboligase / Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL HYDROGEN (S)-ACETYLPHOSPHONATE / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-TDK / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / Glyoxylate carboligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Shaanan, B. / Binshtein, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2007129 米国
引用
ジャーナル: Not Published
タイトル: Crystal structure of E. coli glyoxylate carboligase mutant I393A with MAP
著者: Shaanan, B. / Binshtein, E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Glyoxylate carboligase: a unique thiamin diphosphate-dependent enzyme that can cycle between the 4'-aminopyrimidinium and 1',4'-iminopyrimidine tautomeric forms in the absence of the conserved glutamate.
著者: Nemeria, N. / Binshtein, E. / Patel, H. / Balakrishnan, A. / Vered, I. / Shaanan, B. / Barak, Z. / Chipman, D. / Jordan, F.
#2: ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2008
タイトル: Glyoxylate carboligase lacks the canonical active site glutamate of thiamine-dependent enzymes.
著者: Kaplun, A. / Binshtein, E. / Vyazmensky, M. / Steinmetz, A. / Barak, Z. / Chipman, D.M. / Tittmann, K. / Shaanan, B.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_abbrev / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,086105
ポリマ－403,4236
非ポリマー13,66299
水38,1742119
1
A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子

A: Glyoxylate carboligase
B: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,21196
ポリマ－268,9494
非ポリマー11,26292
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
2
C: Glyoxylate carboligase
D: Glyoxylate carboligase
E: Glyoxylate carboligase
F: Glyoxylate carboligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,98057
ポリマ－268,9494
非ポリマー8,03153
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.641, 188.641, 246.957
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

MG

21B-602-

MG

31B-619-

NA

41A-994-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.025314, -0.978153, 0.20634), (-0.978055, -0.018466, -0.207526), (0.206803, -0.207065, -0.95622)103.34402, 102.92411, 0.04425
3given(0.00161, 0.999998, -0.000727), (-0.999996, 0.001608, -0.002152), (-0.00215, 0.000731, 0.999997)94.20164, 94.45059, 12.47845
4given(0.978245, -0.027473, 0.205623), (0.016235, -0.978014, -0.207906), (0.206814, 0.206721, -0.956292)11.03935, 6.47993, -11.77843
5given(-0.999992, 0.001855, -0.003508), (0.001851, 0.999998, 0.001221), (0.00351, 0.001214, -0.999993)94.44855, 94.22103, -12.41459
6given(0.021125, -0.977793, -0.208508), (0.977697, -0.023384, 0.208713), (-0.208954, -0.208266, 0.955491)6.30982, 11.24299, 11.83154
7given(-0.028572, -0.977841, 0.207391), (-0.977861, -0.015684, -0.208666), (0.207295, -0.208762, -0.955744)103.58522, 102.69883, 0.14449
8given(0.000596, 0.999999, -0.001554), (-0.999996, 0.000592, -0.002805), (-0.002804, 0.001556, 0.999995)94.27428, 94.38584, 12.57681
9given(0.978297, -0.031632, 0.20478), (0.012314, -0.977658, -0.209841), (0.206843, 0.207808, -0.95605)10.93526, 6.56463, -11.72166
10given(-0.999989, 0.002504, -0.003882), (0.002502, 0.999997, 0.000524), (0.003883, 0.000514, -0.999992)94.47937, 94.1754, -12.50016
11given(0.022034, -0.977141, -0.211445), (0.977743, -0.023077, 0.208534), (-0.208646, -0.211334, 0.954885)6.32294, 11.21402, 11.71794
12given(0.977592, -0.026478, 0.208836), (0.017598, -0.978307, -0.206413), (0.209771, 0.205462, -0.955919)11.10083, 6.50916, -12.00468
13given(0.002366, 0.999997, 0.000521), (-0.999997, 0.002365, 0.000879), (0.000878, -0.000523, 0.999999)94.21255, 94.52508, 12.2611
14given(0.023965, -0.977874, -0.207817), (0.977357, -0.020798, 0.210574), (-0.210237, -0.208158, 0.955233)6.17364, 11.42861, 11.89743
15given(-0.99999, 0.004322, -0.001402), (0.004319, 0.999988, 0.002098), (0.001411, 0.002092, -0.999997)94.55315, 94.17069, -12.27929
16given(0.977274, -0.029057, 0.20998), (0.015398, -0.978213, -0.207032), (0.211421, 0.205561, -0.955534)10.95591, 6.66165, -12.09073
17given(0.002787, 0.999995, 0.001226), (-0.999993, 0.002784, 0.00253), (0.002526, -0.001234, 0.999996)94.19646, 94.58084, 12.18611
18given(0.026988, -0.97784, -0.207607), (0.977, -0.018144, 0.212464), (-0.211523, -0.208566, 0.95486)5.96989, 11.68304, 11.97239
19given(-0.999977, 0.006753, 3.4E-5), (0.006753, 0.999968, 0.004223), (-5.0E-6, 0.004223, -0.999991)94.63847, 94.12711, -12.14373
20given(-0.015104, 0.977522, 0.210292), (0.978421, -0.028895, 0.204592), (0.206069, 0.208845, -0.955991)87.88876, -83.32104, -24.00731
21given(-0.003469, -0.999994, 0.000928), (-0.999985, 0.003465, -0.00423), (0.004227, -0.000943, -0.999991)0.28377, 0.22861, -24.8926
22given(-0.97721, 0.02227, -0.211104), (0.022534, -0.977979, -0.207483), (-0.211076, -0.207512, 0.955189)83.06787, -88.0258, -0.40441
23given(-0.012315, 0.977069, 0.212566), (0.978628, -0.031863, 0.203155), (0.20527, 0.210525, -0.955795)87.83978, -83.42696, -23.92528
24given(-0.003062, -0.999993, 0.002222), (-0.999981, 0.00305, -0.00544), (0.005434, -0.002238, -0.999983)0.27823, 0.16422, -25.07444
25given(-0.97716, 0.023094, -0.211248), (0.022257, -0.977488, -0.209815), (-0.211338, -0.209725, 0.954647)83.12396, -87.9996, -0.49103
26given(-0.977472, 0.018432, -0.210257), (0.026245, -0.977833, -0.207735), (-0.209425, -0.208574, 0.955321)82.89315, -88.227, -0.47556
27given(-0.006565, -0.999974, -0.002921), (-0.999978, 0.006568, -0.000991), (0.00101, 0.002914, -0.999995)0.32992, 0.34792, -24.54829
28given(-0.977467, 0.014654, -0.210579), (0.030176, -0.977641, -0.208104), (-0.20892, -0.209769, 0.95517)82.63487, -88.46791, -0.53027
29given(-0.009643, -0.99993, -0.006805), (-0.999953, 0.009634, 0.001298), (-0.001232, 0.006817, -0.999976)0.39505, 0.47428, -24.32562
30given(-0.020045, 0.977011, 0.212246), (0.97748, -0.025455, 0.209489), (0.210076, 0.211665, -0.954498)88.0696, -83.11198, -24.038
31given(-0.02046, 0.976289, 0.215503), (0.977688, -0.025536, 0.208505), (0.209064, 0.21496, -0.953983)88.03992, -83.16939, -23.91965

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glyoxylate carboligase / Tartronate-semialdehyde synthase


分子量: 67237.242 Da / 分子数: 6 / 変異: I393A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: E. coli glyoxylatecarboligase (GCL) I393A in complex with metheyl-acetyl-phosphonate (MAP). Cys344 is converted in the structure to CSO because of radiation damage.
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase

-
非ポリマー , 13種, 2218分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-TDK / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-{(1S)-1-HYDROXY-1-[(R)-HYDROXY(METHOXY)PHOSPHORYL]ETHYL}-5-(2-{[(S)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM / 2-PHOSPHONOLACTYLTHIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 563.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O11P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ALU / METHYL HYDROGEN (S)-ACETYLPHOSPHONATE / アセチルホスホン酸メチル


分子量: 138.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O4P
#6: 化合物
ChemComp-UQ0 / 2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-1,4-ベンゾキノン


分子量: 182.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O4
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#9: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: Octahedral
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 2-4 ul protein (5-15 mg/ml), 100uM ThDP, 10 uM FAD, 1mM MgCl2, 10mM MAP and 10 mM Q0 were mixed with equal volume of resrvoir solution (0.5% PEG 6000, 0.5 M NaCl and 40 mM DTT). Crystals grew ...詳細: 2-4 ul protein (5-15 mg/ml), 100uM ThDP, 10 uM FAD, 1mM MgCl2, 10mM MAP and 10 mM Q0 were mixed with equal volume of resrvoir solution (0.5% PEG 6000, 0.5 M NaCl and 40 mM DTT). Crystals grew to size of roughly 0.15-0.25 mm in all dimensions.
PH範囲: 6.8-7.2 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: as on beamline ESRF_ID14_1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→48.35 Å / Num. obs: 277858 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 7.19 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.83
反射 シェル解像度: 1.96→2.06 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 13894 / % possible all: 33.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDS20210120データ削減
XDS20210120データスケーリング
STARANISO2.3.64データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PAN

2pan


解像度: 1.96→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 8395 -RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 269463 88.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27174 0 864 2119 30157
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.372 -
Rwork0.352 -
obs-25.34 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62380.1088-0.00520.4328-0.06280.58480.01310.04340.02710.0434-0.0260.06170.02710.06170.01280.04330.01080.00250.03910.02380.058245.91525.111.766
20.58440.085-0.16990.65270.05720.5574-0.0178-0.05730.0331-0.05730.01350.05750.03310.05750.00430.03230.00970.0180.0572-0.00850.057380.00755.165-6.91
30.449-0.08840.05210.6560.00270.5469-0.0060.0605-0.06080.0605-0.01470.0341-0.06080.03410.02070.1389-0.0227-0.01640.1250.00350.125769.302-48.36-0.515
40.643-0.1119-0.03640.5975-0.14540.53850.0222-0.0179-0.0222-0.0179-0.04360.0483-0.02220.04830.02130.162-0.01180.01610.10540.01230.119139.354-14.263-19.198
50.6024-0.1427-0.00480.4850.07380.59310.0217-0.06650.0244-0.0665-0.0461-0.05720.0244-0.05720.02440.1722-0.0064-0.00250.1167-0.0470.153448.487-69.199-24.118
60.5912-0.0912-0.16370.681-0.04960.5753-0.00720.04820.04590.0482-0.0024-0.06470.0459-0.06470.00950.1358-0.0280.02880.1481-0.00570.14514.374-39.06-5.437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 962
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 962
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 962
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 962
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 962
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 963

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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