+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bdz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) with T=4 topology | ||||||
![]() | Core protein,Matrix protein 2,External core antigen | ||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / HBc / M2e / VLP | ||||||
機能・相同性 | ![]() suppression by virus of host autophagy / : / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / proton transmembrane transporter activity / viral penetration into host nucleus / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell ...suppression by virus of host autophagy / : / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / proton transmembrane transporter activity / viral penetration into host nucleus / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / RNA binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() Hepatitis B virus genotype D subtype ayw | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
![]() | Egorov, V.V. / Shvetsov, A.V. / Pichkur, E.B. / Shaldzhyan, A.A. / Zabrodskaya, Y.A. / Vinogradova, D.S. / Nekrasov, P.A. / Gorshkov, A.N. / Garmay, Y.P. / Kovaleva, A.A. ...Egorov, V.V. / Shvetsov, A.V. / Pichkur, E.B. / Shaldzhyan, A.A. / Zabrodskaya, Y.A. / Vinogradova, D.S. / Nekrasov, P.A. / Gorshkov, A.N. / Garmay, Y.P. / Kovaleva, A.A. / Stepanova, L.A. / Tsybalova, L.M. / Shtam, T.A. / Myasnikov, A.G. / Konevega, A.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inside and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the structure. 著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A ...著者: V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A Shtam / A G Myasnikov / A L Konevega / ![]() 要旨: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of ...Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of molecular modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). It was also shown that self-assembling of the particles occurs inside bacterial cells, but despite the big inner volume of the core shell particle, purified HBc/4M2e contain an insignificant amount of bacterial proteins. It was shown that a fragment of the M2e corresponding to 4M2e insertion is prone to formation of amyloid-like fibrils. However, as the part of the immunodominant loop, M2e insertion does not show a tendency to intermolecular interaction. A full-atomic HBc-4M2e model with the resolution of about 3 Å (3.13 Å for particles of Т = 4 symmetry, 3.7 Å for particles of Т = 3 symmetry) was obtained by molecular modeling methods based on cryo-EM data. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15995MC ![]() 8berC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30860.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus adw/991 (ウイルス), (組換発現) Influenza A virus (A/Malaya/302/1954(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Hepatitis B virus ...由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: prec/C, M, M2 / 株: A/Malaysia:Malaya/302/1954 H1N1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (T=4) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 30.84 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia col |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 0.05 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 63404 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13146 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|