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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bdt | ||||||
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| タイトル | Ternary complex between VCB, BRD4-BD2 and PROTAC 51 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | LIGASE / PROTAC / VHL / VCB / Complex / Ternary complex / Degrader / E3 Ligase | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of signal transduction / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / microtubule cytoskeleton / Neddylation / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / regulation of inflammatory response / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / cilium / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sorrell, F.J. / Mueller, J.E. / Lehmann, M. / Wegener, A.A. | ||||||
| 資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023タイトル: Systematic Potency and Property Assessment of VHL Ligands and Implications on PROTAC Design. 著者: Krieger, J. / Sorrell, F.J. / Wegener, A.A. / Leuthner, B. / Machrouhi-Porcher, F. / Hecht, M. / Leibrock, E.M. / Muller, J.E. / Eisert, J. / Hartung, I.V. / Schlesiger, S. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8bdt.cif.gz | 381.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8bdt.ent.gz | 310.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8bdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8bdt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8bdt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 8bdt_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8bdt_validation.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 8bdiC ![]() 8bdjC ![]() 8bdlC ![]() 8bdmC ![]() 8bdnC ![]() 8bdoC ![]() 8bdsC ![]() 8bdxC ![]() 8bebC ![]() 5t35S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
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集合体
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
| #1: タンパク質 | 分子量: 14899.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: ![]() |
|---|
-非ポリマー , 3種, 69分子 




| #5: 化合物 | | #6: 化合物 | ChemComp-MLI / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M sodium malonate dibasic monohydrate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日 | |||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.7→65.8 Å / Num. obs: 29056 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.1 %
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 5t35 解像度: 2.7→65.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 34.145 / SU ML: 0.297 / SU R Cruickshank DPI: 0.2937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 188.52 Å2 / Biso mean: 85.034 Å2 / Biso min: 46.61 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→65.8 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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| LS精密化 シェル | 解像度: 2.704→2.774 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
ドイツ, 1件
引用









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