PDB-8bdq: Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bdq

タイトル

Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase

要素

Alginate lyase family protein

キーワード

LYASE / (alpha/alpha)7 barrel / tetramer / alginate lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Roenne, M.E. / Tandrup, T. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 4件

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Three alginate lyases provide a new gut Bacteroides ovatus isolate with the ability to grow on alginate.
著者: Ronne, M.E. / Tandrup, T. / Madsen, M. / Hunt, C.J. / Myers, P.N. / Moll, J.M. / Holck, J. / Brix, S. / Strube, M.L. / Aachmann, F.L. / Wilkens, C. / Svensson, B.

履歴

登録	2022年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bdq.cif.gz	723 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bdq.ent.gz	499.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bdq_validation.pdf.gz	475.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bdq_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
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CIF形式データ	8bdq_validation.cif.gz	68.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase family protein

B: Alginate lyase family protein

C: Alginate lyase family protein

D: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alginate lyase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	196.700, 88.090, 144.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Alginate lyase family protein 分子量: 45972.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: F3B53_17925, F3D71_22350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M5BWR5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→49.17 Å / Num. obs: 121042 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.89 % / B_iso Wilson estimate: 48.91 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.11→2.24 Å / Num. unique obs: 19034 / CC_1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	8	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.11→48.12 Å / SU ML: 0.4139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.6931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2811	2100	1.74 %
R_work	0.2551	118858	-
obs	0.2555	120958	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12207	0	25	80	12312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	12588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5646	17070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9611	4728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.16	0.3995	131	0.3895	7381	X-RAY DIFFRACTION	92.96
2.16-2.22	0.3366	140	0.3496	7926	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.22-2.28	0.3282	140	0.3296	7898	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.28-2.34	0.3829	141	0.3183	7977	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.34-2.42	0.3625	140	0.3149	7957	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.5	0.3726	141	0.3188	7964	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.5-2.6	0.3709	140	0.3255	7945	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.61-2.72	0.3651	141	0.3013	7965	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.72-2.87	0.3154	141	0.2852	7995	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.87-3.05	0.3088	141	0.2837	7957	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.05-3.28	0.333	140	0.2871	7967	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.28-3.61	0.2811	139	0.2473	7913	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.61-4.13	0.2408	141	0.2213	7961	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.13-5.21	0.1945	141	0.2014	7975	X-RAY DIFFRACTION	98.93
5.21-48.12	0.2498	143	0.2228	8077	X-RAY DIFFRACTION	98.42

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.627531114766	0.398023222849	0.427343458034	1.31017238649	-0.0096495500778	0.732508050873	-0.131116945853	0.0261824224299	0.0805103027631	-0.0261594632334	0.0373465514749	0.0571017056392	-0.0138601429247	0.327402438888	2.13359354289E-5	0.408459350682	0.0524497451936	-0.0100251526293	0.51737409124	0.0528342536893	0.418609597286	-57.4771360879	65.1485125985	69.8639724201
2	0.670224671661	-0.227569836072	-0.569589488794	0.24503653653	0.451474164115	0.869769182842	0.103552393248	-0.167756968016	-0.199551433018	-0.106197308967	0.0347052634756	-0.00790399866647	0.215237932952	0.158434335895	-4.69913043511E-5	0.422096313495	-0.0193082421155	-0.109457116352	0.318895609519	-0.0477007608133	0.530579758666	-25.2550681372	33.0131388951	8.30960741102
3	0.31152362895	-0.24624674803	0.385038028283	1.16399663527	-0.381707485855	0.365496958496	0.0146300713733	-0.184392622934	0.012341890846	-0.0308764616697	0.14118625379	0.20923851335	0.0424966912077	-0.0812402987962	-1.45938903931E-5	0.422010152749	-0.0725742890378	-0.039170113946	0.391914704139	-0.0444763263253	0.482160139665	-38.8960466661	41.4263106898	8.81459507464
4	0.275605008966	0.0274674840967	0.527530012233	0.857020817688	-0.0246537203282	0.848616151048	0.0602220197784	-0.111392381388	-0.0164496893598	-0.0754964022818	-0.000238617683881	0.0289035912029	-0.152467778598	0.0837160866859	-4.52369268012E-5	0.342611230967	-0.0936992757486	-0.00216520825429	0.380995471467	-0.0698671815115	0.370586012478	-29.1522525614	51.7156878606	12.8939186092
5	0.354100721576	-0.577573518112	0.128000994349	0.821450997466	0.240812996369	0.587430342198	0.16239589387	-0.385210823282	0.0287769827261	0.207259180432	0.000513122649596	0.192266045682	0.057945544863	-0.0118931228545	0.000679269810617	0.420990114045	-0.12453353146	-0.0855081644328	0.572015498169	-0.0124862818827	0.442819930383	-28.0584184871	38.645219084	29.2875081871
6	1.11805820327	0.897634867603	0.269773181479	0.762601012185	-0.334625868128	0.854629556575	0.170916572976	-0.111057810905	0.116389167163	0.142954264375	-0.171906983038	0.336565381453	-0.153098623259	-0.106611767544	8.39730528811E-5	0.499860051868	0.0244334882903	0.102689641545	0.394526715455	0.0614855670601	0.488653258984	-73.8896348142	40.3057290724	6.83182788957
7	0.0300286807266	-0.0644598264502	-0.0338560249966	0.321191556598	0.279677935856	0.172588676856	0.18263143811	-0.0204233382793	-0.131623057644	-0.00870153958669	-0.182141036291	-0.472376082886	0.21395689495	0.222363473836	-3.61443263067E-5	0.519808317363	-0.0526415467075	-0.00305116100228	0.603642115018	0.128921898157	0.67690717048	-46.5614509375	25.4544404217	13.236421154
8	0.567908795541	0.227342451315	0.660897734496	0.58759788578	-0.0840491011067	0.501106866101	0.0831258511118	0.0253065336349	0.0871640649462	-0.028367911385	-0.0906050826717	-0.0728952024137	-0.0614255704437	0.0292057337063	5.56180795621E-5	0.471047448747	0.0302950704336	0.0591767888236	0.456726566133	0.0758206774422	0.484574865876	-68.930990552	31.210149846	3.6911107459
9	0.274336224963	0.135113396687	-0.491318133112	1.21213718741	0.138991238246	0.688882096668	0.163171449541	-0.0908966406798	0.277105567501	0.101242564299	-0.270469960029	-0.00753158515672	0.0572573899767	0.109406601185	0.00037624031163	0.51716517981	-0.0504150453971	0.0733111338115	0.489232946383	0.0688693441911	0.526077947221	-71.5005265261	19.7200249322	15.3078846928
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11	0.991789246197	0.00599308970473	-0.233786188579	0.372360087351	-0.646960546479	1.08197278798	0.0820666839148	0.0904181621596	0.0221470513093	-0.139709916121	-0.0894080524682	0.0731824937172	0.0991611004088	-0.18658186064	0.000122739805286	0.459808673258	-0.0914094311592	-0.022896473892	0.273664686645	0.022810619198	0.279116727818	-91.3274053241	71.0834882019	37.4973068061
12	0.45567436364	-0.0848731938772	-0.393946146487	0.601955243689	-0.339722123051	0.588720287358	0.102445422639	-0.238116148834	0.00782151817583	0.170001090086	-0.193282135857	0.160456905208	0.137926968806	-0.169251246921	8.72351563258E-7	0.513103669464	-0.0490668803409	-0.0229111940396	0.424092786341	0.0416001799458	0.397009523766	-83.6100559749	79.2124201617	49.2362919247
13	0.178138253137	0.171452160437	0.0493162457936	0.698137761653	-0.504340987122	0.296916114206	-0.0658182156949	-0.00940531123913	0.118439083768	0.175962061531	-0.0226707763682	0.184417918777	0.132486059661	-0.0674789564457	8.92816412993E-6	0.476716898038	-0.0662146217574	0.0158413278856	0.441894308263	0.0150088682004	0.426455109908	-89.671009965	85.7888483348	45.2364600464
14	0.793762476762	-0.363045376207	-0.741122918705	1.00647743782	0.212316114073	0.996618924289	0.108154265571	-0.093646127536	0.174754421168	-0.0416381207745	-0.118612344359	-0.115947892576	0.0451483189219	0.199779574907	2.02803737226E-5	0.472458967746	-0.0151415130211	0.0271198355626	0.475102427403	0.0728667951248	0.379515837775	-76.8043671877	83.4426863987	31.9566131668
15	0.124685810922	-0.183741934935	-0.12094392192	0.258570138064	0.0974426490747	1.04064470226	-0.0590272245725	-0.0895607867875	0.0700219585818	0.0663784060195	-0.0384621830102	0.115699353918	-0.134258220609	0.145493301974	5.6444058615E-5	0.443217787876	0.0260426382059	-0.0919227816836	0.432486834755	-0.0108589210536	0.494435057707	-65.4841697717	77.98308652	79.1593646023
16	0.669933465001	0.56661763567	-0.192476808702	0.779620202128	-0.354106083994	0.326014590583	-0.151289427993	-0.030772561806	0.208914414875	-0.0438033327457	-0.0185346470969	0.137856244305	-0.0305871921829	0.113740141773	8.42448901526E-5	0.445786529395	0.0922456251523	-0.0565625343756	0.424735521434	0.01123238562	0.477108522992	-72.3476781951	69.828575118	66.7631975962

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 159 through 402 )	D	E	159 - 402	138 - 381
2	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )	A	A	24 - 84	1 - 61
3	3	chain 'A' and (resid 85 through 158 )	A	A	85 - 158	62 - 135
4	4	chain 'A' and (resid 159 through 294 )	A	A	159 - 294	136 - 271
5	5	chain 'A' and (resid 295 through 402 )	A	A	295 - 402	272 - 379
6	6	chain 'B' and (resid 23 through 84 )	B	B	23 - 84	1 - 62
7	7	chain 'B' and (resid 85 through 118 )	B	B	85 - 118	63 - 96
8	8	chain 'B' and (resid 119 through 209 )	B	B	119 - 209	97 - 187
9	9	chain 'B' and (resid 210 through 294 )	B	B	210 - 294	188 - 272
10	10	chain 'B' and (resid 295 through 402 )	B	B	295 - 402	273 - 380
11	11	chain 'C' and (resid 23 through 84 )	C	D	23 - 84	1 - 62
12	12	chain 'C' and (resid 85 through 158 )	C	D	85 - 158	63 - 136
13	13	chain 'C' and (resid 159 through 209 )	C	D	159 - 209	137 - 187
14	14	chain 'C' and (resid 210 through 402 )	C	D	210 - 402	188 - 380
15	15	chain 'D' and (resid 22 through 84 )	D	E	22 - 84	1 - 63
16	16	chain 'D' and (resid 85 through 158 )	D	E	85 - 158	64 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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