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- PDB-8bdq: Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdq
タイトルCrystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase
要素Alginate lyase family protein
キーワードLYASE / (alpha/alpha)7 barrel / tetramer / alginate lyase
機能・相同性Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / lyase activity / Alginate lyase family protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Roenne, M.E. / Tandrup, T. / Wilkens, C.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research デンマーク
Novo Nordisk Foundation デンマーク
The Carlsberg Foundation デンマーク
Other government デンマーク
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Three alginate lyases provide a new gut Bacteroides ovatus isolate with the ability to grow on alginate.
著者: Ronne, M.E. / Tandrup, T. / Madsen, M. / Hunt, C.J. / Myers, P.N. / Moll, J.M. / Holck, J. / Brix, S. / Strube, M.L. / Aachmann, F.L. / Wilkens, C. / Svensson, B.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase family protein
B: Alginate lyase family protein
C: Alginate lyase family protein
D: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,3699
ポリマ－183,8894
非ポリマー4805
水1,44180
1
A: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0682
ポリマ－45,9721
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1643
ポリマ－45,9721
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0682
ポリマ－45,9721
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alginate lyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0682
ポリマ－45,9721
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)196.700, 88.090, 144.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Alginate lyase family protein


分子量: 45972.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: F3B53_17925, F3D71_22350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M5BWR5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→49.17 Å / Num. obs: 121042 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 48.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.24 Å / Num. unique obs: 19034 / CC1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC8精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBE3データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.11→48.12 Å / SU ML: 0.4139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.6931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 2100 1.74 %
Rwork0.2551 118858 -
obs0.2555 120958 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12207 0 25 80 12312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002712588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.564617070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03871801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00462186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.96114728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.160.39951310.38957381X-RAY DIFFRACTION92.96
2.16-2.220.33661400.34967926X-RAY DIFFRACTION99.83
2.22-2.280.32821400.32967898X-RAY DIFFRACTION99.84
2.28-2.340.38291410.31837977X-RAY DIFFRACTION99.89
2.34-2.420.36251400.31497957X-RAY DIFFRACTION99.96
2.42-2.50.37261410.31887964X-RAY DIFFRACTION99.95
2.5-2.60.37091400.32557945X-RAY DIFFRACTION99.98
2.61-2.720.36511410.30137965X-RAY DIFFRACTION99.89
2.72-2.870.31541410.28527995X-RAY DIFFRACTION99.82
2.87-3.050.30881410.28377957X-RAY DIFFRACTION99.75
3.05-3.280.3331400.28717967X-RAY DIFFRACTION99.25
3.28-3.610.28111390.24737913X-RAY DIFFRACTION99.25
3.61-4.130.24081410.22137961X-RAY DIFFRACTION98.96
4.13-5.210.19451410.20147975X-RAY DIFFRACTION98.93
5.21-48.120.24981430.22288077X-RAY DIFFRACTION98.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6275311147660.3980232228490.4273434580341.31017238649-0.00964955007780.732508050873-0.1311169458530.02618242242990.0805103027631-0.02615946323340.03734655147490.0571017056392-0.01386014292470.3274024388882.13359354289E-50.4084593506820.0524497451936-0.01002515262930.517374091240.05283425368930.418609597286-57.477136087965.148512598569.8639724201
20.670224671661-0.227569836072-0.5695894887940.245036536530.4514741641150.8697691828420.103552393248-0.167756968016-0.199551433018-0.1061973089670.0347052634756-0.007903998666470.2152379329520.158434335895-4.69913043511E-50.422096313495-0.0193082421155-0.1094571163520.318895609519-0.04770076081330.530579758666-25.255068137233.01313889518.30960741102
30.31152362895-0.246246748030.3850380282831.16399663527-0.3817074858550.3654969584960.0146300713733-0.1843926229340.012341890846-0.03087646166970.141186253790.209238513350.0424966912077-0.0812402987962-1.45938903931E-50.422010152749-0.0725742890378-0.0391701139460.391914704139-0.04447632632530.482160139665-38.896046666141.42631068988.81459507464
40.2756050089660.02746748409670.5275300122330.857020817688-0.02465372032820.8486161510480.0602220197784-0.111392381388-0.0164496893598-0.0754964022818-0.0002386176838810.0289035912029-0.1524677785980.0837160866859-4.52369268012E-50.342611230967-0.0936992757486-0.002165208254290.380995471467-0.06986718151150.370586012478-29.152252561451.715687860612.8939186092
50.354100721576-0.5775735181120.1280009943490.8214509974660.2408129963690.5874303421980.16239589387-0.3852108232820.02877698272610.2072591804320.0005131226495960.1922660456820.057945544863-0.01189312285450.0006792698106170.420990114045-0.12453353146-0.08550816443280.572015498169-0.01248628188270.442819930383-28.058418487138.64521908429.2875081871
61.118058203270.8976348676030.2697731814790.762601012185-0.3346258681280.8546295565750.170916572976-0.1110578109050.1163891671630.142954264375-0.1719069830380.336565381453-0.153098623259-0.1066117675448.39730528811E-50.4998600518680.02443348829030.1026896415450.3945267154550.06148556706010.488653258984-73.889634814240.30572907246.83182788957
70.0300286807266-0.0644598264502-0.03385602499660.3211915565980.2796779358560.1725886768560.18263143811-0.0204233382793-0.131623057644-0.00870153958669-0.182141036291-0.4723760828860.213956894950.222363473836-3.61443263067E-50.519808317363-0.0526415467075-0.003051161002280.6036421150180.1289218981570.67690717048-46.561450937525.454440421713.236421154
80.5679087955410.2273424513150.6608977344960.58759788578-0.08404910110670.5011068661010.08312585111180.02530653363490.0871640649462-0.028367911385-0.0906050826717-0.0728952024137-0.06142557044370.02920573370635.56180795621E-50.4710474487470.03029507043360.05917678882360.4567265661330.07582067744220.484574865876-68.93099055231.2101498463.6911107459
90.2743362249630.135113396687-0.4913181331121.212137187410.1389912382460.6888820966680.163171449541-0.09089664067980.2771055675010.101242564299-0.270469960029-0.007531585156720.05725738997670.1094066011850.000376240311630.51716517981-0.05041504539710.07331113381150.4892329463830.06886934419110.526077947221-71.500526526119.720024932215.3078846928
100.470006730617-0.1918805635720.01312843974190.31103423373-0.1262085920180.652277195180.0664123203789-0.203057900104-0.002113177610080.279952950922-0.089632958747-0.0405397890506-0.1571608879750.12505881735-2.49778388859E-50.609888034612-0.1663572429170.08070452393340.608476669254-0.03265587763530.54967203855-71.394384282634.739298544427.7957771937
110.9917892461970.00599308970473-0.2337861885790.372360087351-0.6469605464791.081972787980.08206668391480.09041816215960.0221470513093-0.139709916121-0.08940805246820.07318249371720.0991611004088-0.186581860640.0001227398052860.459808673258-0.0914094311592-0.0228964738920.2736646866450.0228106191980.279116727818-91.327405324171.083488201937.4973068061
120.45567436364-0.0848731938772-0.3939461464870.601955243689-0.3397221230510.5887202873580.102445422639-0.2381161488340.007821518175830.170001090086-0.1932821358570.1604569052080.137926968806-0.1692512469218.72351563258E-70.513103669464-0.0490668803409-0.02291119403960.4240927863410.04160017994580.397009523766-83.610055974979.212420161749.2362919247
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160.6699334650010.56661763567-0.1924768087020.779620202128-0.3541060839940.326014590583-0.151289427993-0.0307725618060.208914414875-0.0438033327457-0.01853464709690.137856244305-0.03058719218290.1137401417738.42448901526E-50.4457865293950.0922456251523-0.05656253437560.4247355214340.011232385620.477108522992-72.347678195169.82857511866.7631975962
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 159 through 402 )DE159 - 402138 - 381
22chain 'A' and (resid 24 through 84 )AA24 - 841 - 61
33chain 'A' and (resid 85 through 158 )AA85 - 15862 - 135
44chain 'A' and (resid 159 through 294 )AA159 - 294136 - 271
55chain 'A' and (resid 295 through 402 )AA295 - 402272 - 379
66chain 'B' and (resid 23 through 84 )BB23 - 841 - 62
77chain 'B' and (resid 85 through 118 )BB85 - 11863 - 96
88chain 'B' and (resid 119 through 209 )BB119 - 20997 - 187
99chain 'B' and (resid 210 through 294 )BB210 - 294188 - 272
1010chain 'B' and (resid 295 through 402 )BB295 - 402273 - 380
1111chain 'C' and (resid 23 through 84 )CD23 - 841 - 62
1212chain 'C' and (resid 85 through 158 )CD85 - 15863 - 136
1313chain 'C' and (resid 159 through 209 )CD159 - 209137 - 187
1414chain 'C' and (resid 210 through 402 )CD210 - 402188 - 380
1515chain 'D' and (resid 22 through 84 )DE22 - 841 - 63
1616chain 'D' and (resid 85 through 158 )DE85 - 15864 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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