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Yorodumi- PDB-8bdq: Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bdq | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Bacteroides ovatus CP926 PL38 alginate lyase | |||||||||||||||
Components | Alginate lyase family protein | |||||||||||||||
Keywords | LYASE / (alpha/alpha)7 barrel / tetramer / alginate lyase | |||||||||||||||
Function / homology | Alginate lyase domain / Alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / periplasmic space / lyase activity / Alginate lyase family protein Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Bacteroides ovatus (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | |||||||||||||||
Authors | Roenne, M.E. / Tandrup, T. / Wilkens, C. | |||||||||||||||
Funding support | Denmark, 4items
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Citation | Journal: Appl.Environ.Microbiol. / Year: 2023 Title: Three alginate lyases provide a new gut Bacteroides ovatus isolate with the ability to grow on alginate. Authors: Ronne, M.E. / Tandrup, T. / Madsen, M. / Hunt, C.J. / Myers, P.N. / Moll, J.M. / Holck, J. / Brix, S. / Strube, M.L. / Aachmann, F.L. / Wilkens, C. / Svensson, B. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bdq.cif.gz | 723 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bdq.ent.gz | 499.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bdq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8bddC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45972.230 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides ovatus (bacteria) / Gene: F3B53_17925, F3D71_22350 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A5M5BWR5 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.976254 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976254 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.11→49.17 Å / Num. obs: 121042 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 48.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.11→2.24 Å / Num. unique obs: 19034 / CC1/2: 0.53 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AlphaFold2 Resolution: 2.11→48.12 Å / SU ML: 0.4139 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.6931 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→48.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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