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- PDB-8bdm: VCB in complex with compound 26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bdm
タイトルVCB in complex with compound 26
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC / degrader / complex / E3 ligase / VHL / VCB / VH032
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QE9 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.021 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Mueller, J.E. / Lehmann, M. / Wegener, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Systematic Potency and Property Assessment of VHL Ligands and Implications on PROTAC Design.
著者: Krieger, J. / Sorrell, F.J. / Wegener, A.A. / Leuthner, B. / Machrouhi-Porcher, F. / Hecht, M. / Leibrock, E.M. / Muller, J.E. / Eisert, J. / Hartung, I.V. / Schlesiger, S.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,76016
ポリマ－166,53312
非ポリマー2,2274
水13,854769
1
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1904
ポリマ－41,6333
非ポリマー5571
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1904
ポリマ－41,6333
非ポリマー5571
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
3
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1904
ポリマ－41,6333
非ポリマー5571
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1904
ポリマ－41,6333
非ポリマー5571
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.894, 92.894, 364.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-QE9 / (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-(2-methoxyethoxy)-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{R})-3-methyl-2-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 556.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H36N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10-20% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, soaked with 1mM compound

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99971 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→90.17 Å / Num. obs: 100347 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 47.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.021→2.027 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 3.824 / Num. unique obs: 1007 / CC1/2: 0.361 / Rpim(I) all: 1.052 / Rrim(I) all: 3.967 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.X精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nw1

5nw1


解像度: 2.021→82.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 4885 5.05 %RANDOM
Rwork0.2245 ---
obs0.2261 96693 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7014 Å20 Å20 Å2
2---1.7014 Å20 Å2
3---3.4028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.021→82.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10602 0 228 769 11599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9615111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3808SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1860HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11107HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1463SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9303SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.021→2.04 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3834 103 5.33 %
Rwork0.3832 1831 -
obs--66.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1554-1.5548-1.92851.39413.08545.8716-0.0229-0.28510.22950.53720.01190.05180.9553-0.1190.01090.1638-0.1061-0.00150.03990.0267-0.238628.8902-1.50843.4851
21.29990.1741-0.90952.72561.86255.39970.0210.01020.02250.3642-0.05560.00690.6171-0.26190.03460.14-0.0548-0.0259-0.05780.0161-0.16131.9966-5.8326.0579
31.114-0.94070.68784.8027-1.33811.47490.08570.0233-0.0238-0.0627-0.0283-0.0611-0.10360.0402-0.05740.0315-0.03750.0727-0.0395-0.0518-0.099338.869515.27068.6223
43.1945-1.6614-1.90961.34011.69813.3978-0.0661-0.3144-0.02240.1979-0.0066-0.05660.17790.1750.0727-0.0121-0.01750.03560.00640.0325-0.081974.93522.469743.3634
51.33470.2575-0.79372.59060.19013.7179-0.0716-0.0177-0.106-0.2002-0.03420.0493-0.0124-0.04890.10590.02550.00580.0439-0.0774-0.0102-0.050678.2507-1.489925.8815
60.7801-0.58990.58454.6272-2.66141.84590.01610.058-0.0423-0.01780.01380.1456-0.07830.0785-0.030.1038-0.03180.1316-0.099-0.0364-0.093285.30919.8048.3335
72.0072-1.0112-1.74541.42390.73944.9578-0.1203-0.10540.13720.1754-0.01280.03030.2165-0.31810.13310.0713-0.0180.0376-0.0080.0167-0.149933.442343.720243.5062
80.64540.3435-0.45293.5731-0.57942.6971-0.00740.05450.0219-0.4381-0.05210.25540.2486-0.23920.05950.20440.0002-0.0124-0.07750.0306-0.122835.112140.582126.0018
90.9432-0.81070.49172.3572-1.23211.0991-0.0238-0.00320.0151-0.2523-0.07140.03350.2803-0.03580.09520.25190.01210.0155-0.0856-0.0045-0.118138.733261.67517.7832
101.7932-1.29210.02412.1206-1.13863.2749-0.03710.0375-0.0367-0.1928-0.05480.11910.00490.15830.0919-0.0128-0.04230.00480.04950.0539-0.106245.073113.921747.9184
112.82670.5543-0.50990.8348-0.53652.8495-0.1026-0.42790.0676-0.0245-0.01590.0565-0.1620.41870.1185-0.1008-0.01120.01770.21590.0539-0.134747.816412.125365.378
122.0934-0.4823-0.95380.9889-0.43452.16-0.0531-0.24640.0786-0.0593-0.08670.0302-0.0630.25070.1397-0.13080.0071-0.00440.17560.0757-0.083926.73527.696783.1801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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